此代码
for record in SeqIO.parse(open(file, 'rU'), 'fasta', generic_protein):
record_id = re.sub(r'\d+_(\d+_\d\#\d+)_\d+', r'\1', record.id)
if ( not reference_sequence ):
reference_sequence = record.seq
reference_name = record_id
#continue
print ",".join([reference_name, record_id, compare_seqs(reference_sequence, record.seq)])
提供如下的终端输出
7065_8#1,8987_2#53,
7065_8#1,8987_2#58,
7065_8#1,8987_2#61,
7065_8#1,8987_2#62,E-G [246]
7065_8#1,8987_2#65,N-K [71],Y-D [223]
我想把这一行一行写进CSV,有什么建议吗?你知道吗
您还可以将逗号分隔的字符串(以及引号)直接写入文件:
使用此方法,您可以打开文件并检查是否正在写入数据,即使脚本正在运行。你知道吗
您可以使用
writerow
保存您的输出,如下所示:将所有记录打包到一个嵌套列表中(即,不使用
print ','.join(...)
而使用records.append([...])
),然后可以使用writerows(records)
将它们写入文件。不需要像'.'.join()
那样做csv就是为你做的。你知道吗为完整起见:
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