我想用Python自动化在线提交作业和收集作业id的过程

2024-05-29 03:22:57 发布

您现在位置:Python中文网/ 问答频道 /正文

我想提交一个蛋白质序列在线HMM比较使用HHpred工具,并收集其作业id,以便我可以收集输出后处理。但是我有1200个这样的序列,我非常需要自动化这个过程。我尝试在Python中使用mechanize包,但由于没有可用的文档,我无法正确理解。你知道吗

import mechanize
ur = "http://toolkit.tuebingen.mpg.de/hhpred/"
request = mechanize.Request(ur)
response = mechanize.urlopen(request)
forms = mechanize.ParseResponse(response, backwards_compat=False)
print response.code
form = forms[0]
print form

original_text = form["jobid"]
form["jobid"] =     '''MNDKSKNMMKNFIRTFAGLLLAILLILGFFLLVFPKAGDRFLADKKVSTLSAKNLTYAALGDSLTEGVGDATGQGGF    VPLFAKDIENKTDSSVSSQNFGKAGDTSTQIYNRMMKSKKITDGLKKADIITITIGGNDVLKV
IRDNVSKLSSMTEKDFTKPEELYQARVKKLLDKIREDNPKAQIYVLGIYNPFYLNFPELTVMQNVIDSWNTATAGVVSQE    KNTYFIPINDLLYKGSGDKQAVESGSTSDAVSNNLLYTEDHFHPNNVGYQLMADAVFASY
KEVNQK'''
control = form.find_control("jobid")
print control.name, control.value, control.type
control = form.find_control("showres")
print control.name, control.value, control.type
print control.disabled
request2 = form.click("showres")
response2 = mechanize.urlopen(request2)
forms2 = mechanize.ParseResponse(response2, backwards_compat=False)
form2 = forms2[0]
print form2

网站http://toolkit.tuebingen.mpg.de/hhpred/有许多输入字段,但我只能使用'mechanize'解析器在控制列表中看到“jobid”和“showres”。上面的代码是我试图做的,但它完全不正确。 我其实想粘贴在文本框中的序列,点击提交,如果可能的话,在底部给我自己的工作id。点击submit后保存结果页面的url。 请帮帮我。(我正在使用windows)


Tags: formidhttpresponsede序列toolkitcontrol

热门问题