反mash下载_数据库.py子进程出错

2021-10-17 17:34:51 发布

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我试图在我的研究小组的服务器上安装antiSMASH,但在下载相关数据库的最后阶段遇到了一个问题。制造商提供了一个脚本“下载”_数据库.py“为您执行此操作(请参见位于https://bitbucket.org/antismash/antismash/src/718da23d059742048bf044a1ed663806051eb0b2/download_databases.py?at=master&fileviewer=file-view-default的代码)。 可悲的是,似乎存在某种访问问题(我不是root,sudo也帮不上忙)。你知道吗

服务器是RedHat CentOS 7.2.1511

命令运行是“python下载”_数据库.py“在反mash目录中。输出如下:

Creating checksum of Pfam-A.hmm.gz
Extraction of Pfam-A.hmm.gz finished successfully.
Traceback (most recent call last):
  File "download_databases.py", line 221, in <module>
    main()
  File "download_databases.py", line 198, in main
    compile_pfam(filename)
  File "download_databases.py", line 161, in compile_pfam
    execute(command)
  File "download_databases.py", line 51, in execute
    stderr=subprocess.PIPE)
  File "/usr/lib64/python2.7/subprocess.py", line 711, in __init__
    errread, errwrite)
  File "/usr/lib64/python2.7/subprocess.py", line 1327, in _execute_child
    raise child_exception
OSError: [Errno 2] No such file or directory

有经验的人知道我需要做什么吗?我已经尝试了Python(2.7)的本地安装,在那里我有读/写权限,但这似乎没有帮助,因为脚本仍然在其他地方寻找子进程脚本(我自己的安装在路径的顶部)。我可能需要安装一些额外的本地安装或自定义安装位置,包括子进程等东西?你知道吗

提前谢谢。我不是专家,非常感谢你的帮助。你知道吗

编辑:我现在觉得自己很蠢。感谢Hannu建议我检查$PATH和脚本试图执行的二进制文件。它原来是antiSMASH的一个依赖项(hmmpress),我还没有将它添加到这台机器的$PATH中。我没有想到在实际运行antiSMASH之前需要它。你知道吗