将基序映射回参考序列中的多个位置

Question

我正在尝试将数百个转录因子结合位点序列与我的参考序列对齐。你知道吗

例如，在下面的序列中，粗体是它映射到的两个TF结合位点。你知道吗

CTGGCGTGATCACTGGCCATCATGGCATCTGTCATGTGAGTATAACCTCACACGCATTCATAACCACACACACACACGCCTCATATGTATGCATTATGTCAGGCAGG gaggattctgccaagcaagcaagagagagggatgtgctgctcacagatccttctgctgaagacatgaatgcagaggcATGTCAGgaagagcaagcaagcaacgctgtcc

当我尝试在snapgene中使用alignment函数时，输出显示TF序列映射到的一个位点。但是，当我手动按ctrl+f为我的TF序列搜索匹配项时，有两个站点（上面的粗体部分）与我的序列100%匹配，但是snapgene只能为它遇到的第一个匹配站点自动对齐或生成一个特征，而不会为第二个站点执行此操作。我只是想知道是否有任何建议或平台（例如python，R）可以将多个短序列映射到一个参考序列，它能够注释参考序列上所有可能的比对位点？你知道吗

Answer 1

Bioconductor BiostringsvmatchPDict()在这种情况下可能工作得很好；有关示例，请参见帮助页?vmatchPDict。你知道吗