无法在Python中获取dicom图像进行显示

Question

我正在尝试在opencv-python中显示一个DICOM图像。我使用的是pydicom库，然后还添加了一些API，想要创建一个完整的DICOM查看器，使用DOTNET来运行Python（C#通过进程实例调用Python，当然！！）。但是我无法转换或查看未压缩的DICOM图像。每当我尝试加载或修改像素数组时，就会出现错误信息。

import dicom
import cv2
import numpy
df=dicom.read_file("IM-0001-0002.dcm")
df.pixel_array

Traceback (most recent call last):
File "<pyshell#4>", line 1, in <module>
df.pixel_array
File "C:\Python27\lib\site-packages\dicom\dataset.py", line 394, in pixel_array
return self._get_pixel_array()
File "C:\Python27\lib\site-packages\dicom\dataset.py", line 376, in _get_pixel_array
raise NotImplementedError("Pixel Data is compressed in a format pydicom does not yet          handle. Cannot return array")
NotImplementedError: Pixel Data is compressed in a format pydicom does not yet handle.        Cannot return array

请给我推荐一个好的方法来转换图像，以便使用cv2.imshow()函数显示图像。

提前谢谢大家！！

Answer 1

你需要先把它转换成RGB格式，看看这个关于单色DICOM文件的内容：

https://github.com/twanmal/dicom_monochrome_to_opencv

# import the necessary packages
from imutils import contours
import scipy
from skimage import measure
import numpy as np # numeric library needed
import pandas as pd #for datafrome
import argparse # simple argparser
import imutils
import cv2  # for opencv image recognising tool
import dicom
filename = askopenfilename()
dicom_file = dicom.read_file(filename) ## original dicom File
#### a dicom monochrome-2 file has pixel value between approx -2000 and +2000, opencv doesn't work with it#####
#### in a first step we transform those pixel values in (R,G,B)
### to have gray in RGB, simply give the same values for R,G, and B, 
####(0,0,0) will be black, (255,255,255) will be white,

## the threeshold to be automized with a proper quartile function of the pixel distribution
black_threeshold=0###pixel value below 0 will be black,
white_threeshold=1400###pixel value above 1400 will be white
wt=white_threeshold
bt=black_threeshold

###### function to transform a dicom to RGB for the use of opencv, 
##to be strongly improved, as it takes to much time to run,
## and the linear process should be replaced with an adapted weighted arctan or an adapted spline interpolation.
def DicomtoRGB(dicomfile,bt,wt):
    """Create new image(numpy array) filled with certain color in RGB"""
    # Create black blank image
    image = np.zeros((dicomfile.Rows, dicomfile.Columns, 3), np.uint8)
    #loops on image height and width
    i=0
    j=0
    while i<dicomfile.Rows:
        j=0
        while j<dicomfile.Columns:
            color = yaxpb(dicom_file.pixel_array[i][j],bt,wt) #linear transformation to be adapted
            image[i][j] = (color,color,color)## same R,G, B value to obtain greyscale
            j=j+1
        i=i+1
    return image
##linear transformation : from [bt < pxvalue < wt] linear to [0<pyvalue<255]: loss of information... 
def yaxpb(pxvalue,bt,wt):
    if pxvalue < bt:
        y=0
    elif pxvalue > wt:
        y=255
    else:
        y=pxvalue*255/(wt-bt)-255*bt/(wt-bt)
    return y



image=DicomtoRGB(dicom_file,bt=0,wt=1400)
## loading the RGB in a proper opencv format
gray = cv2.cvtColor(image, cv2.COLOR_BGR2GRAY)
## look at the gray file
cv2.imshow("gray", gray)
cv2.waitKey(0)
cv2.destroyWindow("gray")

Answer 2

你可以使用Python的GDCM库先来解压这个文件，具体可以参考这里的例子。

Answer 3

试试 pydicom

出现这个错误的一个原因可能是：你使用的 .dcm 文件可能包含不被支持的格式（比如，pydicom 中的 pillow 不支持 JPEG 2000 格式）。这个问题是可以解决的。我之前也遇到过同样的问题（我用的是 pydicom 而不是 dicom），我想你可以从我解决问题的办法中得到一些启发：

我的平台信息：

我使用的是：pydicom 来读取 .dcm 文件，Python 3.6，Anaconda 和 Ubuntu，内存 15 GB。

解决方案：

1. 安装 pydicom，使用这个命令：pip install -U pydicom。

你可以在这里找到相关信息：（链接：https://pydicom.github.io/pydicom/dev/getting_started.html）

2. 需要 Anaconda，为什么？ 请查看 pydicom 的官方文档（https://pydicom.github.io/pydicom/dev/getting_started.html），里面提到“为了安装 pydicom 以及处理压缩像素数据的图像处理程序，我们建议使用 Miniconda 或 Anaconda”。

3. 如果你直接使用 Ubuntu，打开终端。如果你使用 Windows，则在 Anaconda Navigator 中进入环境，然后启动终端。在终端中执行以下命令：

   pip install -U git+https://github.com/pydicom/pydicom.git

   conda install pydicom --channel conda-forge

   conda install -c conda-forge gdcm

交叉检查：

现在重启你的笔记本，然后尝试用 pydicom 执行你的代码。它应该会显示输出。

另外，你也可以使用 Matplotlib 来显示，方法如下：

import matplotlib.pyplot as plt
import pydicom
filename = 'IM-0001-0002.dcm'
ds = pydicom.dcmread(filename)
plt.imshow(ds.pixel_array, cmap=plt.cm.bone)

希望这能帮到你。

Answer 4

因为pydicom不支持压缩的dicom文件，所以你需要先把它解压缩。你可以使用GDCM来完成这个操作。