在MATLAB中调用Python的system()时导入非标准Python库的问题

Question

test1.py 文件的内容是：

import sys
print 'ok'

test2.py 文件的内容是：

import sys
import numpy as np
print 'ok'

在命令行中运行 python test1.py 和 python test2.py 都没有问题。

但是在 MATLAB 中，运行 system('python test1.py') 是可以的，而 system('python test2.py') 就不行，出现了以下错误信息：

>> system('python test2.py')
Traceback (most recent call last):
  File "test.py", line 3, in <module>
    import numpy as np
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/__init__.py", line 137, in <module>
    import add_newdocs
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/add_newdocs.py", line 9, in <module>
    from numpy.lib import add_newdoc
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/__init__.py", line 13, in <module>
    from polynomial import *
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/polynomial.py", line 17, in <module>
    from numpy.linalg import eigvals, lstsq
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/linalg/__init__.py", line 48, in <module>
    from linalg import *
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/linalg/linalg.py", line 23, in <module>
    from numpy.linalg import lapack_lite
ImportError: /afs/csail.mit.edu/system/common/matlab/2012a/sys/os/glnxa64/libgfortran.so.3: version `GFORTRAN_1.4' not found (required by /usr/lib/liblapack.so.3gf)

完整的错误信息：

我在 Ubuntu 12.04 上使用的是 64 位的 Matlab 2012a 和 Python 2.7。有人知道为什么从 MATLAB 调用 Python 时，无法导入一些非标准的 Python 库（这里是 Numpy，但我在使用 Scipy 时也遇到过同样的问题）吗？需要注意的是，在我的 Windows 电脑上，一切都运行得很好。

Answer 1

如果你没有权限编辑你的MATLAB目录，比如我这种情况，MATLAB在一个共享驱动器上，或者你只是想暂时改变MATLAB调用的库，你可以使用一种叫做LD_PRELOAD技巧的方法。这种方法可以让你在其他库之前加载一个文件（通常是一个库）。

在这个问题中，正如Marcin指出的，NumPy需要一个更新版本的libgfortran.so.3，而MATLAB提供的版本比较旧。所以我们需要用下面的命令在终端中预加载系统版本的libgfortran.so.3（这个版本应该是最新的，能和NumPy一起正常工作）：

LD_PRELOAD=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 matlab

---

如果你想确保NumPy和SciPy在MATLAB中都能正常工作，可以创建一个名为good_luck.py的文件，内容是：

import numpy
numpy.test('full')

import scipy
scipy.test('full')

然后在MATLAB中用系统命令调用它：system('python good_luck.py')。

如果你需要预加载多个文件，这种情况很常见，通常可以用:来连接它们，比如：

LD_PRELOAD=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3:/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6.0.16: matlab

---

我还是希望能有一个解决方案，能强制MATLAB调用Python，并给它一个和从终端调用Python时一样的环境。手动预加载Python代码需要的库真的很麻烦，我还是不明白为什么MATLAB默认要强制Python使用它那些（过时的）库。

Answer 2

在Ubuntu 14.04 x64上使用Matlab R2013a时也遇到了同样的问题。

问题是Matlab自带了一些自己的库，比如说libgfortran.so.3，而不是使用系统自带的库。根据我在网上查到的信息，这些库通常是过时的，而numpy需要更新版本的库。所以就出现了问题。

在Ubuntu上，只需要更换这些库就可以解决。不知道在Windows上怎么做（我猜可能会有点类似），但在Ubuntu上的步骤如下：

第一步: 进入：

 `cd /usr/local/MATLAB/R2013a/sys/os/glnxa64`

第二步: 备份Matlab的libgfortran.so.3：

 `sudo mv libgfortran.so.3 libgfortran.so.3.bck`

第三步: 创建系统库的符号链接：

 `sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3`