biopython PDB：如何通过原子的序列号引用原子列表

Question

我在使用biopython的时候遇到了一些困难。我成功地从一个结构对象中获取了所有原子的列表，还能获取和设置坐标，以及提取序列号：

from Bio import PDB

pdb = "file.pdb"
name = "file"
p = PDB.PDBParser()
struct_in = p.get_structure(name, pdb)

for atom in PDB.Selection.unfold_entities(struct_in, target_level='A'):
    atom.set_coord(np.array((1,2,3)))
    atom.transform(unity3,(2,-2,1))
    print atom.get_serial_number()

但是，我无法通过序列号来引用某个特定的原子（比如索引23），以便更改它的坐标。我在寻找类似于下面第二行的虚构“get_atom_by_index()”函数（但实际上并不能这样用）：

atomList = PDB.Selection.unfold_entities(struct_in, target_level='A')
atomList.get_atom_by_index(23).set_coord(newCoord)

当然，我可以做一些类似这样的事情：

for i in atomList:
    if atomList[i].get_serial_number() == 23:
        atomList[i].set_coord(newCoord)

但我更希望能避免这个额外的循环。一定有更方便的方法可以做到这一点！

提前感谢你们！

弗雷德

Answer 1

你可以把PDB放进一个字典里，字典的键是原子的序列号：

selection = PDB.Selection.unfold_entities(struct_in, target_level='A')
serial_numbers = [atom.serial_number for atom in selection]

selection_dict = dict(zip(serial_numbers, selection))

# selection_dict is now something like:
# {1: <Atom N>, 2: <Atom CA>, 3: <Atom C>, ...}

现在你可以直接用这些键来访问字典，而不需要一个一个循环去找：

selection_dict[23].set_coord(np.array((1,2,3)))

Answer 2

如果你知道具体的索引号，那为什么不直接这样做呢：

atomList[23].set_coord(newCoord)