无法通过打印语句写入文件

Question

我这里写了一个简单的程序，用来处理一个文本文件，这个文件里包含了一些细菌基因的信息，还有这些基因对应的氨基酸（直接使用更好，对吧？）。我主要依赖Biopython这个模块。

这个程序在我的Python环境中运行得很好，但我就是无法把结果保存到一个文件里。

这个代码可以正常工作：

import Bio
from Bio import SeqIO
from Bio.Seq import Seq
from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio.SeqUtils import GC
from Bio.SeqUtils import ProtParam
for record in SeqIO.parse("RTEST.faa", "fasta"):
    identifier=record.id
    length=len(record.seq)
    print identifier, length 

但是这个不行：

import Bio
from Bio import SeqIO
from Bio.Seq import Seq
from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio.SeqUtils import GC
from Bio.SeqUtils import ProtParam
for record in SeqIO.parse("RTEST.faa", "fasta"):
    identifier=record.id
    length=len(record.seq)
    print identifier, length >> "testing.txt"

还有这个也不行：

import Bio
from Bio import SeqIO
from Bio.Seq import Seq
from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio.SeqUtils import GC
from Bio.SeqUtils import ProtParam
f = open("testingtext.txt", "w")
for record in SeqIO.parse("RTEST.faa", "fasta"):
    identifier=record.id
    length=len(record.seq)
    f.write(identifier, length)

这个也不行：

import Bio
from Bio import SeqIO
from Bio.Seq import Seq
from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio.SeqUtils import GC
from Bio.SeqUtils import ProtParam
f = open("testingtext.txt", "w")
for record in SeqIO.parse("RTEST.faa", "fasta"):
    identifier=record.id
    length=len(record.seq)
    f.write("len(record.seq) \n")

Answer 1

你的问题其实是关于如何写文件的一般内容。

这里有几个例子：

fname = "testing.txt"
lst = [1, 2, 3]
f = open(fname, "w")
  f.write("a line\n")
  f.write("another line\n")
  f.write(str(lst))
f.close()

f.write 需要一个字符串作为写入的内容。

使用上下文管理器来做同样的事情（这看起来是最符合Python风格的写法，建议你学习这个模式）：

fname = "testing.txt"
lst = [1, 2, 3]
with open(fname, "w") as f:
  f.write("a line\n")
  f.write("another line\n")
  f.write(str(lst))

# closing will happen automatically when leaving the "with" block
assert f.closed

你也可以使用所谓的打印尖括号语法（适用于Python 2.x）。

fname = "testing.txt"
lst = [1, 2, 3]
with open(fname, "w") as f:
  print >> f, "a line"
  print >> f, "another line"
  print >> f, lst

print 在这里做了一些额外的事情——在末尾添加换行符，并将非字符串的值转换成字符串。

在Python 3.x中，print的语法有所不同，因为它变成了一个普通的函数。

fname = "testing.txt"
lst = [1, 2, 3]
with open(fname, "w") as f:
  print("a line", file=f)
  print("another line", file=f)
  print(lst, file=f)