Python命令行选项用于过滤列中的值

Question

我想在Python中写一个函数，用来处理一个以制表符分隔的文件，目的是过滤掉某一列中不符合条件的值，并且在运行脚本时把这个条件作为命令行参数传入。

比如说，如果条件是10，那就过滤掉所有小于10的行。同时，我还想检查输入的数字是否是数字，如果不是，就显示“这不是数字”的提示。

所以，命令行的格式应该是：

python script.py file --quality [limit]

Python脚本：

import sys
arg = []
    for a in sys.argv:
    arg.append(a) 
        quality = arg[2]

更具体一点，我处理的文件是一个Sam文件，使用的包是Pysam，这个包的第五列有映射质量的限制。

https://media.readthedocs.org/pdf/pysam/latest/pysam.pdf

命令行：

  python script.py samfile --quality [limit]

我用这个方法来读取sam文件：

 samfile = pysam.Samfile(arg[1], "rb" )
 mapqlim = arg[2]

我还是Python初学者，但看到有一个模块叫argparse。我该如何用argparse来实现这个功能呢？

检查是否为数字的函数

  def is_number(s):
     try:
       val = int(s)
     except ValueError:
       print "That is not an int!"

如果传入多个命令行参数，还需要检查它们是否是数字。

  is_number(args.quality)
  is_number(args.count)

我写了一个函数来检查是否是数字，不过我想在其中如果有参数不是数字时，打印出“质量不是整数”或“计数不是整数”，而不是简单地打印“那不是整数”。

Answer 1

这里有一个argparse的教程

如果你想获取在命令行中输入的参数，代码大概是这样的：

import argparse
parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument("--quality", help="enter some quality limit")
args = parser.parse_args()
print "You gave quality = %s" % str(args.quality)

简单来说，你需要给你的“解析器”添加一些参数。然后你就可以解析这些参数。最后得到的结果是一个对象，这个对象里面有一些属性，属性的值就是你所期待的。

我把这个保存为a.py，然后运行了这个：

$ python a.py --quality 10
You gave quality = 10