多列数据的欧几里得距离

Question

我的数据看起来是这样的：

data =

    2.29    2.048333333 2   2
    2.29    2.048333333 2   2
    2.29    2           2   2
    2.29    2.064444444 2   2

我想计算列与列之间的欧几里得距离。结果会是一个4X4的矩阵，矩阵对角线上的元素都是0，因为它们是相同的。

我该怎么高效地做到这一点呢？

到目前为止，我只知道怎么计算两列之间的欧几里得距离。

我是不是应该用循环多次来计算它们呢？

Answer 1

如果数据是numpy数组，这段代码可能会更高效。

dist = np.empty_like(data)
for i, x in enumerate(data):
    dist[:, i] = np.sqrt(np.sum((data - x)**2, axis=1)) 

Answer 2

试试这个：

def main(data):
    total = []
    n = len(data)
    for i in range(n):
        tmp = []
        for j in range(n):
            a = data[i];
            b = data[j]
            tmp.append(dist(data[i],data[j]))
        total.append(tmp)
    return total

def dist(a,b):
    tmp = [pow(a - b,2) for a, b in zip(a, b)]
    return pow(sum(tmp),0.5);

def output(t):#this function is not necessary and is just for tidiness
    n = len(t)
    for i in range(n):
        for j in range(n):
            print t[i][j],"\t\t\t",
        print "\n"

data = [[1,1,1],[1,2,3],[0,0,0]]#just for test
t = main(data)
output(t)