在R中使用igraph导出图形

Question

我有一个很大的igraph对象，它里面有很多边和顶点的属性，我需要把这些属性写到一个文件里，以后再加载回来（可能是用其他程序，比如Python）。

> g
IGRAPH DN-- 85000 1000000 -- 
+ attr: name (v/c), numeric_var (e/n), binary_outcome1 (e/x), binary_outcome2 (e/x)

那么我应该用什么格式来写所有的边属性到文件里呢？

write.graph(g, file = "test1.fileextension",format = "which_format?")

非常感谢！

Answer 1

关于各种支持的格式的优缺点，R语言的igraph库在read.igraph的帮助文档中有详细说明：http://igraph.sourceforge.net/doc/R/read.graph.html。而write.igraph页面则展示了更多输出类型的支持。

• Edge List 对你的需求来说可能太简单了。
• Pajek 可能太专业化了，并且有一些和GraphML相似的限制。
• Dot 可能能满足你的需求（参考：http://www.graphviz.org/Documentation/dotguide.pdf）。
• GraphML 无法处理超图、嵌套图或混合（有向/无向）图。
• GML 说明“只使用节点和边的属性，并且只有在它们是简单类型时：整数、实数或字符串。所以如果一个属性是数组或记录，它就会被忽略。如果属性的某些值是复杂的，这也是适用的。”
• DL 可能不适合你。
• NCOL 只是“一个符号加权边列表”，所以也可能不合适。
• LGL 也可能太简单了，无法满足需求。
• DIMACS 没有你需要的额外信息。
• LEDA（我认为）只支持单一属性。
• GraphDB 也有一些限制。

所以，我建议你试试GraphML和GML。