Pymol未输出图像

Question

我正在尝试使用pymol从一个pdb文件中绘制蛋白质结构。

但是，当我运行下面的脚本时，pymol窗口打开了，但里面一片漆黑。而且奇怪的是，pdb文件被输出到了命令行。

这是我的代码：

bioservices_pdb_obj = PDB()
pdb_file = bioservices_pdb_obj.getFile(results[str(Brick.part_attrib(self,'uniprot_id'))][detail-1],'pdb')
pdb_name = str(Brick.part_attrib(self,'uniprot_id'))
pymol.finish_launching()                
pymol.cmd.load(pdb_file, pdb_name)
pymol.cmd.disable("all")
pymol.cmd.enable(pdb_name)
pymol.cmd.png("my_pdb.png")
pymol.cmd.quit()

有没有人知道这是怎么回事？

生成的.png文件' my_pdb'也被放到了工作目录里，但它也是黑乎乎的。

Answer 1

这个问题在其他的PDB文件中也会出现吗？如果是的话，你可以试试用cmd.mpng()这个函数作为解决办法。如果cmd.png()这个函数不管用的话，你也可以在其他情况下使用这个cmd.mpng()，比如在命令行模式下使用PyMOL的时候。

import pymol
from pymol import cmd
import os
pymol.finish_launching()                
cmd.set('ray_trace_frames', 1)  # Frames are raytraced before saving an image.

def pnghack(filepath, width=1024, height=768):
"""Workaround if cmd.png() doesn't work"""
    cmd.viewport(width, height)  # Set resolution
    cmd.mpng(filepath, 1, 1)  # Use batch png mode with 1 frame only
    cmd.mplay()  # cmd.mpng needs the animation to 'run'

cmd.load(pdb_file, pdb_name)
cmd.disable("all")
cmd.enable(pdb_name)
pnghack("my_pdb.png")
cmd.quit()

需要注意的是，生成的png文件会被命名为"my_pdb0001.png"，因为cmd.mpng()这个函数总是会加上帧编号。