可能存在冲突的Python安装

Question

我不太确定我安装的模块是不是在默认的 Python 安装上，可能这就是导致我遇到的 Unicode 字节大小兼容性错误的原因。简单来说，我用 Python 2.7.3 安装了 Numpy 1.7，但当我尝试安装另一个需要 Python 和 Numpy 的程序时，就出现了这个错误：

Traceback (most recent call last):
  File "setup.py", line 20, in <module>
    from weblogolib import __version__
  File "/home/chris/Documents/IS/Bioinformatics-Software/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 108, in <module>
    from numpy import array, asarray, float64, ones, zeros, int32,all,any, shape
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/__init__.py", line 137, in <module>
import add_newdocs
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/add_newdocs.py", line 9, in <module>
from numpy.lib import add_newdoc
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/__init__.py", line 4, in <module>
from type_check import *
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/type_check.py", line 8, in <module>
import numpy.core.numeric as _nx
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/__init__.py", line 5, in <module>
import multiarray
ImportError: /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/multiarray.so: undefined symbol: PyUnicodeUCS4_AsUnicodeEscapeString

所以我猜我遇到了字节大小冲突（2 字节和 4 字节）。我去检查了一下，看看是否有不同版本的 Python 在搞混。

python --version
Python 2.7.3

但这似乎和我找到的情况不太一致。

which python
/usr/local/bin/python

当我去 /usr/local/bin 时，发现了一些与 Python 相关的文件：

python
python2
python2.7
python-config
python2-config
python2.7-config

现在我已经把 Numpy 安装到了 /usr/lib/python2.7/dist-packages 的 dist-packages 目录，这和我用 python --version 得到的版本是对应的。但是，当我用 which python 命令时，得到的是一个指向 python 的目录，而不是 python2.7，这让我担心在安装需要 Python 和 Numpy 的程序时可能会出现冲突。

所以我想澄清一下我的问题：这些文件是 Python 安装中正常会出现的吗？还是说我不小心安装了三个不同的版本？它们会导致我遇到的未识别符号错误吗？如果它们确实是多余的版本，有没有办法卸载它们？

谢谢你能提供的任何帮助！

哦，还有一个链接是我之前问过的问题，关于我在尝试修复一个 ImportError 时编辑了 PYTHONPATH，不知道这是否会影响到其他事情……ImportError: No module named numpy

这是我尝试使用 virtualenv 的结果：

chris@ubuntu:~/Documents/IS/Bioinformatics-Software$ virtualenv weblogo-3.3
New python executable in weblogo-3.3/bin/python
Installing setuptools.............done.
Installing pip...............done.
chris@ubuntu:~/Documents/IS/Bioinformatics-Software$ cd weblogo-3.3
chris@ubuntu:~/Documents/IS/Bioinformatics-Software/weblogo-3.3$ source bin/activate
(weblogo-3.3)chris@ubuntu:~/Documents/IS/Bioinformatics-Software/weblogo-3.3$ pip install numpy
Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): numpy in /usr/lib/python2.7/dist-packages
Cleaning up...

Answer 1

你用的是什么操作系统？这个问题更适合在超级用户论坛问，不过你可以试试这个方法。先把 easy_install 放一边，如果你还没用过的话，改用 pip。

在Ubuntu系统上：

sudo apt-get install python-setuptools 
sudo easy_install pip 
pip install --user numpy

Answer 2

这个问题看起来是因为Python和Numpy的编译设置不匹配。

/usr/local/bin是你安装自定义Python的地方，你可以试着用/usr/bin/python来运行。

另外一个解决办法是使用虚拟环境（virtualenv）。你可以试试这个：

virtualenv myproject
cd myproject
source bin/activate
pip install numpy

简单来说，虚拟环境会在“myproject”目录下设置一个不同的Python安装，并且有自己的包。运行“activate”命令就是告诉系统你想用这个安装，而不是默认的系统Python。这样你就可以为不同的项目创建不同的Python环境。使用虚拟环境后，每个项目可以有自己的Python包版本，即使这些版本和其他项目或系统包不兼容。

需要注意的是，每次你打开一个新的命令行窗口并想使用这个虚拟环境时，都需要重复运行“source”命令。此外，你可能需要通过操作系统的包管理器来安装virtualenv命令。如果这不行（比如你没有管理员权限）或者你的操作系统版本太旧，你也可以从https://pypi.python.org/packages/source/v/virtualenv/手动下载。

如果你运行ls -l /usr/local/bin/python*，你应该能看到python和python2实际上是指向python2.7的符号链接，python-config和python2-config也是指向python2.7-config的符号链接。