从smiles文件中获取所有分子

Question

我正在处理.smiles文件。这种文件的结构可以在这个链接找到：http://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_file_format#SMILES

我想从.smiles文件中提取出所有的原子。这意味着如果有一个单独的'C'原子，那么它会有4个'H'原子和它连接在一起。

我在搜索时发现，Python中有一些模块可以解析.smiles格式，但它们并不能提供支持的氢原子。（比如：它们只给出'C'，而不包括与这个'C'原子连接的其他4个'H'原子）

我该如何使用Python找到所有的原子，包括连接的'H'原子呢？
这是一个需要转换成所有原子（包括连接的'H'原子）的.smiles文件示例：

[H]OC([H])([H])[C@@]1([H])C([H])=C([H])[C@@]([H])(n2c([H])nc3c(nc(nc23)N([H])[H])N([H])C2([H])C([H])([H])C2([H])[H])C1([H])[H]

提前谢谢你。

Answer 1

要计算一个化合物的分子量，如果你有它的SMILES表示法，可以使用Openbabel的Python接口来实现：

import pybel
mol = pybel.readfile("smi", "stuff.smi").next()
print mol.molwt

Answer 2

我想从smiles文件中获取所有的原子。这意味着如果有一个单独的'C'原子，那么就会有4个'H'原子和它连接在一起。这个想法是不对的，实际上可能只有1、2或3个氢原子。

可以试试openbabel、CDK或者类似的化学信息学库。

不过，你为什么需要从文件中获取所有的原子呢？

Answer 3

查看 Open Babel。

Open Babel网站上的有用链接：

• "指南"
• 功能
• 在Open Babel中使用Python
• 其他工具，包括一个工具 (obprop)

另见，
这个博客（由Casper Steinmann撰写）关于使用Python进行化学的内容（虽然不是全部使用Open Babel）

更新
查看这段代码（未经测试）：

mymol = pybel.readstring("smi",  
"[H]OC([H])([H])[C@@]1([H])C([H])=C([H])[C@@]([H])(n2c([H])nc3c(nc(nc23)" + \
"N([H])[H])N([H])C2([H])C([H])([H])C2([H])[H])C1([H])[H")
print mymol.addh()