无权限安装rpy2

Question

我在安装Python包rpy2时遇到了问题。我已经把R编译成了共享库，但因为没有管理员权限，所以我尝试用以下命令安装rpy2：

pip install -user rpy2

但是，我遇到了以下错误：

./rpy/rinterface/_rinterface.c:86:31: 致命错误： readline/readline.h: 没有这样的文件或目录

编译终止。

错误：命令'gcc'失败，退出状态为1

我已经把readline下载到了：

/some/path/readline-6.2/

在这里我可以看到readline.h（我也编译了readline以防万一）

我的问题：

我该如何让rpy2（或者pip）知道这个readline.h的存放位置，以避免头文件编译错误？

Answer 1

有时候在Linux系统中，需要使用命令“sudo apt-get upgrade”来更新软件库，这样才能获取最新的库文件，这样可能会解决一些问题。

Answer 2

更简单的：

yum install readline-devel.x86_64

在CentOS 7上运行对我来说

对于Debian/Ubuntu

apt-get install libreadline-dev

Answer 3

你需要真正安装readline，而不仅仅是下载它，然后通过CFLAGS和LDFLAGS来告诉rpy2去哪里找它。

试试这个方法。对我来说几乎成功了——我也遇到了同样的问题，只是多了一个麻烦，那就是rpy2似乎在链接系统的R，而不是我自己安装的版本。

首先，我把readline下载到~/src/readline-6.2，然后用./configure --prefix=$HOME && make && make install安装它。（你需要把它安装到某个地方，而不仅仅是下载源代码。）

然后我重新编译了R，命令是：

CPPFLAGS="-I/usr/local/include -I$HOME/include/" \
LDFLAGS="-L/usr/local/lib64 -L/usr/local/lib -L$HOME/lib64 -L$HOME/lib" \
./configure --prefix=$HOME --enable-BLAS-shlib --enable-R-shlib
make
make install

现在R肯定在使用那个readline：

$ ldd ~/lib64/R/lib/libR.so | grep readline
libreadline.so.6 => /home/dsutherl/lib/libreadline.so.6 (0x00007f8104207000)

我在家安装的Python也是一样的（3.2.3，因为h5py还不支持3.3）：

CFLAGS="-I/usr/local/include -I$HOME/include/" \
LDFLAGS="-L/usr/local/lib64 -L/usr/local/lib -L$HOME/lib64 -L$HOME/lib" \
./configure --prefix=$HOME
make
make install

再来一次：

$ ldd ~/lib/python3.2/lib-dynload/readline.cpython-32m.so | grep readline
libreadline.so.6 => /home/dsutherl/lib/libreadline.so.6 (0x00007fbfff5c2000)

然后我下载了rpy2的源代码并构建它：

CFLAGS="-I/usr/local/include -I$HOME/include/" \
LDFLAGS="-L/usr/local/lib64 -L/usr/local/lib -L$HOME/lib64 -L$HOME/lib" \
python3 setup.py build --r-home $HOME/lib64/R install

这看起来成功了，用ldd检查site-packages/rpy2里的.so文件，链接到了正确的libreadline……但是却链接到了系统的R，而不是我的版本，尽管我明确指定了--r-home。