scipy.spatial.distance.squareform的反函数

Question

scipy.spatial.distance.squareform这个函数有没有反向的功能？如果没有，处理超大距离矩阵的最佳方法是什么？

Answer 1

其实，这个 lambda 表达式是非常高效的：

In [1]: unsquareform = lambda a: a[numpy.nonzero(numpy.triu(a))]

举个例子：

In [2]: scipy.spatial.distance.pdist(numpy.arange(12).reshape((4,3)))
Out[2]:
array([  5.19615242,  10.39230485,  15.58845727,   5.19615242,
        10.39230485,   5.19615242])

还有

In [3]: unsquareform(scipy.spatial.distance.squareform(scipy.spatial.distance.pdist(numpy.arange(12).reshape((4,3)))))
Out[3]:
array([  5.19615242,  10.39230485,  15.58845727,   5.19615242,
        10.39230485,   5.19615242])

Answer 2

根据文档，squareform 是它自己的反函数：

http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.spatial.distance.squareform.html