igraph在Ncol()格式导入边列表后如何填充节点属性？

Question

我不太确定这是合并操作，还是两个独立的导入，或者我应该完全重新考虑这个问题。我最开始使用igraph是因为在gephi里玩的时候，我总是采用两步导入，先导入边，然后再导入节点数据。这样的方法在igraph里合适吗？

所以，多亏了最近的一些帮助，我刚刚导入了一个边列表，内容大概是这样的：

123123 321321 1
222222 333333 2
123123 333333 3
222222 321321 4

...使用的导入命令是

import igraph
g = igraph.Graph.Read_Ncol('edgelist.txt')

我想给这个边列表生成的节点添加一些属性。这些属性大概是这样的...

123123 "color:red" "community:1"
222222 "color:blue" "community:2"
321321 "color:red" "community:1"
333333 "color:red" "community:2"

我该如何把这些数据添加到我当前的图里呢？我看到有很多复杂的边列表导入格式，但没有节点列表的格式。我是不是漏掉了什么？难道没有自动把节点数据添加到相应节点的功能吗？

如果没有，能不能推荐一种更简单的方法，把节点数据填充到现有的图里？

我本能地想到了类似这样的方式...

[g.vs["color"] = x for x in node_list.color if g.vs["name"] == node_list.name]
[g.vs["community"] = x for x in node_list.community if g.vs["name"] == node_list.name]

但这看起来实在是太麻烦了。

Answer 1

你走在正确的道路上，不过这确实会有点麻烦。之所以麻烦，是因为igraph的底层是用C语言写的，而在C语言中，处理数字（比如顶点和边的ID）要比处理名字（比如顶点和边的名称）简单得多。所以，igraph用从零开始的整数来表示顶点和边，而不是用它们的名字。这就是为什么你需要多做一步，才能从名字找到对应的顶点。

我可能会这样做：

1. 使用 Graph.Read_Ncol 来读取边列表。（你已经做过了）。

2. 建立一个字典，把顶点名字和它们的ID对应起来：

   >>> id_mapping = dict((v, k) for k, v in g.vs["name"])
   

3. 把你的属性文件读入 node_list。我假设 node_list.name 会给我一个顶点名字的列表，而 node_list.color 会给我一个对应颜色的列表。然后你可以这样做：

   >>> for name, color in izip(node_list.name, node_list.color):
   ...     g.vs[id_mapping[name]]["color"] = color
   

在第三步中，还有一种替代的方法是使用 g.vs.find(name)，这会给你一个 Vertex 对象，指向具有给定名字的顶点。然后你可以把属性分配给这个顶点；例如：

>>> for name, color in izip(node_list.name, node_list.color):
...     g.vs.find(name)["color"] = color

在这种情况下，你就不需要 id_mapping 了。实际上，igraph在后台维护了一个名字到ID的映射，专门用于 name 这个顶点属性，而 g.vs.find 就是利用了这个映射。如果你想用其他顶点属性作为唯一标识，而不是 name，那么基于 id_mapping 的方法会更有用。