我不明白如何在Python中指定要打开文件的路径

Question

我刚开始学习Python，想导入genbank和fasta格式的文件。在它们的文档里，有个例子说明了我们怎么把数据集导入到Python里。具体来说，它们在《Biopython教程与食谱》第16页提供了以下例子：

from  Bio  import  SeqIO

for  seq_record  in  SeqIO.parse("ls_orchid.gbk",  "genbank"):
    print  seq_record.id
    print  repr(seq_record.seq)
    print  len(seq_record)

现在，它们在第14页提到Biopython的源代码里包含了这个文件，这确实是对的。但是，Python是怎么通过Bio导入SeqIO来知道这个文件具体在哪里的呢？我在安装了biopython及其组件后尝试了上面的代码，但一直没成功。

另外，我能不能直接指定genbank文件的路径，然后以某种方式打开它呢？

谢谢！

Answer 1

我把Genbank和FASTA文件放在了C:\Python27这个文件夹里。
我可以解析其他各种文件格式，比如Newick、PhyloXML等等。
如果你想了解更多信息，建议你联系开发者。

Answer 2

看起来你需要把 ls_orchid.gbk 这个文件保存在和你的 Python 脚本同一个文件夹里，不然你就得写出这个文件的完整路径。你也可以直接从 NCBI 网站下载任何一个 genbank 文件，然后把它放到那个文件夹里，或者像这样指定它的位置：

for seq_record in SeqIO.parse("~/文件位置/文件名", "genbank")

Answer 3

根据 这个链接

你需要把文件复制到你自己的电脑目录里

当这个教程最初写的时候，搜索结果只有94条，我们把这些结果保存成了两种格式的文本文件，一个是FASTA格式，另一个是GenBank格式（文件名分别是ls_orchid.fasta和ls_orchid.gbk，这些文件也包含在Biopython的源代码中，路径是docs/tutorial/examples/）。

如果你今天进行同样的搜索，你会得到几百条结果！在跟着教程的时候，如果你想看到相同的基因列表，只需下载上面提到的两个文件，或者从Biopython源代码中的docs/examples/目录复制它们。在第2.5节中，我们会学习如何在Python中进行这样的搜索。