Networkx：用文件中已存的节点值和边重新生成随机几何图

Question

我正在生成一个随机几何图，并使用 write_adjlist 将节点和边的信息存储到文件中。

代码：python1.py

G=nx.random_geometric_graph(10,0.5) 
filename = "ipRandomGrid.txt" 
fh=open(filename,'wb') 
nx.write_adjlist(G, fh) 
nx.draw(G) 
plt.show()

现在，我想从第二个文件中生成一个图，使用相同的节点和边的信息。我正在使用 read_adjlist 来获取这些信息。

代码：python2.py

filename = "ipRandomGrid.txt" 
fh=open(filename, 'rb') 
G=nx.Graph() 
G=nx.read_adjlist("ipRandomGrid.txt") 
pos=nx.random_layout(G) 
nx.draw_networkx_nodes(G,pos,nodelist=[1,2],node_color='b') 
nx.draw(G) 
plt.show()

但是它给我显示了下面的错误。

raise nx.NetworkXError('Node %s has no position.'%e) 
networkx.exception.NetworkXError: Node 1 has no position. 

我觉得问题出在 pos 这个变量上。有人能帮我解决这个问题吗？

Answer 1

考虑一下下面这个互动示例：

>>> import networkx as nx
>>> G = nx.random_geometric_graph(10, 0.5)
>>> with open("junk.txt", "wb") as f:
...   nx.write_adjlist(G, f)
...
>>> G.nodes()
[0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9]
>>> with open("junk.txt", "rb") as f:
...   G2 = nx.read_adjlist(f)
...
>>> G2.nodes()
[u'1', u'0', u'3', u'2', u'5', u'4', u'7', u'6', u'9', u'8']
>>>

在从文件中读取节点列表时，节点的身份被当作字符串来处理，而不是数字。所以你会遇到错误，因为你试图绘制两个不存在的节点 1 和 2。把它们改成字符串形式（'1' 和 '2'），这样就可以正常工作了。