从文件中读取nodelist值绘制NetworkX的grid_2d_graph

Question

我想用文件中的节点列表来绘制一个二维网格图。

list1 = [(0,0),(0,1),(1,0)] 
nx.draw_networkx_nodes(G, pos, nodelist=list1, node_color='b')

在上面的说法中，我不想手动设置节点列表，而是想从一个文件中读取节点列表。这个文件会包含应该被涂成蓝色的节点列表。

我尝试从文件中读取数据，并把获取到的值放到节点列表里，但出现了错误，提示节点 '(0,1)' 没有位置，可能是因为我把它存储成了字符串。

有没有人能建议一下，怎么从文件中读取节点列表的值呢？

Answer 1

这里有一种方法，可以把节点的颜色作为节点的属性存储，并将它们保存在一个GraphML格式的文件中。然后，你可以读取这个文件，把节点和属性提取成列表，以便传递给nx.draw()（或者nx.draw_networkx_nodes()）来绘制图形。

import matplotlib.pyplot as plt
import networkx as nx
# create graph 
G=nx.Graph()
# with nodes that have attribute "color"
G.add_nodes_from('abc',color='r')
G.add_nodes_from('de',color='b')
G.add_edges_from([('a','b'),('b','d'),('c','e'),('b','e')])
# save/load in graphml format
nx.write_graphml(G,'color_test.graphml')
H=nx.read_graphml('color_test.graphml')
# get nodes and colors as lists from graph attributes
nodes,colors=zip(*nx.get_node_attributes(H,'color').items())
nx.draw(H,nodelist=nodes,node_color=colors)
plt.show()