使用Igraph库计算介中心性

Question

我是一名水平一般的程序员，但我还是想用igraph这个Python库来研究一个用户在某个论坛中的中心性，看看这对他未来在论坛的贡献有什么影响。

我联系了一个使用NetworkX库做类似事情的人，但由于论坛的规模太大，计算准确的中心性指标几乎是不可能的——这实在是太耗时间了。

这是他写的代码：

import networkx as netx
import sys, csv

if len(sys.argv) is not 2:
   print 'Please specify an input graph.'
   sys.exit(1)

ingraph = sys.argv[1]
graph = netx.readwrite.gpickle.read_gpickle(ingraph)

num_nodes = len(graph.nodes())
print '%s nodes found in input graph.' % num_nodes
print 'Recording data in centrality.csv'

# Calculate all of the betweenness measures
betweenness = netx.algorithms.centrality.betweenness_centrality(graph)
print 'Betweenness computations complete.'
closeness = netx.algorithms.centrality.closeness_centrality(graph)
print 'Closeness computations complete.'

outcsv = csv.writer(open('centrality.csv', 'wb'))

for node in graph.nodes():
   outcsv.writerow([node, betweenness[node], closeness[node]])

print 'Complete!'

我尝试用igraph库写类似的代码（这个库可以快速估算，而不是做精确计算），但我似乎无法把数据写入CSV文件。

我的代码：

import igraph
import sys, csv

from igraph import *

graph = Graph.Read_Pajek("C:\karate.net")

print igraph.summary(graph)

estimate = graph.betweenness(vertices=None, directed=True, cutoff=2)
print 'Betweenness computation complete.'

outcsv = csv.writer(open('estimate.csv', 'wb'))

for v in graph.vs():
   outcsv.writerow([v, estimate[vs]])

print 'Complete!'

我在igraph的文档中找不到如何调用单个顶点（在NetworkX里叫节点），所以我在这方面遇到了错误信息。也许我还忘记了其他的东西；我可能是个太差的程序员，没注意到这些 :P

我哪里做错了呢？

Answer 1

为了让大家更明白，下面的代码最终解决了这个问题：

import igraph
import sys, csv

from igraph import *
from itertools import izip

graph = Graph.Read_GML("C:\stack.gml")

print igraph.summary(graph)

my_id_to_igraph_id = dict((v, k) for k, v in enumerate(graph.vs["id"]))

estimate = graph.betweenness(directed=True, cutoff=16)
print 'Betweenness computation complete.'

print graph.vertex_attributes()

outcsv = csv.writer(open('estimate17.csv', 'wb'))

outcsv.writerows(izip(graph.vs["id"], estimate))

print 'Complete!'

Answer 2

正如你已经注意到的，igraph中的每个顶点可以通过图对象的vs属性来访问。vs就像一个列表，所以你可以遍历它来获取图中的顶点。每个顶点都是Vertex类的一个实例，而顶点的索引是通过它的index属性来表示的。（需要注意的是，igraph对顶点和边都使用连续的数字索引，所以你需要用index属性，而不能直接使用原来的顶点名称。）

我猜你需要的是原始输入文件中存储的顶点名称。名称存储在name或id顶点属性中（这取决于你的输入格式），所以你可能需要这样做：

for v in graph.vs:
    outcsv.writerow([v["name"], estimate[v.index]])

请注意，顶点属性可以通过将顶点对象当作字典来索引来访问。另一种方法是直接将vs对象当作字典使用；这样你会得到一个包含所有顶点的指定属性值的列表。例如：

from itertools import izip

for name, est in izip(graph.vs["name"], estimate):
    outcsv.writerow([name, est])

还有一种更快的方式，使用生成器表达式：

outcsv.writerows(izip(graph.vs["name"], estimate))