如何在Biopython中解决IOError: [Errno 2] 找不到文件或目录？

Question

我正在尝试用Biopython解析一个fasta文件，使用的是以下代码。请问我该如何解决这个错误？

from Bio import SeqIO
handle = open("C:/Users/Desktop/kk.fasta", "rU")



File "<pyshell#19>", line 1, in <module>
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'kk.fasta'

我遇到了上面的错误。但是我的文件确实存在。我使用的是Windows 7操作系统，Python 2.7和Biopython 1.57。有什么建议吗？

Answer 1

你的路径不对。

打开文件管理器，然后输入这个路径：

c:\Users\

这样可以帮助你修正路径。用户文件夹下面的下一个文件夹应该是一个用户名，或者是默认的，不是桌面。

Answer 2

尝试一下:

import os
print os.path.isfile(r"C:\Users\Desktop\kk.fasta")

如果输出结果是对的，你可以试着把原代码里的字符串替换一下，看看能不能正常工作。如果不行，确保路径里没有拼写错误。

这里的小 r 是指原始字符串。它会把所有的 \ 转换成 \\，这样可以确保路径是有效的（比如说，\n 就不会变成换行符）。