遍历变量以连接每个节点 | Python图中的节点连通性

Question

我想找出图中节点1和其他节点之间的连接情况。输入的文本文件格式如下：

1 2 1
1 35 1
8 37 1

接下来还有167行。第一列表示源节点，第二列表示目标节点，最后一列表示边的权重。

我正在尝试从输入文件中读取源节点和目标节点，并在它们之间形成一条边。接下来，我需要确定这个网络是否是连通的（也就是说，图中只有一个部分，没有子部分）。这里是我的代码：

from numpy import*
import networkx as nx
G=nx.empty_graph()

for row in file('out40.txt'):
    row = row.split()
    src = row[0]
    dest = row[1]
    #print src
    G.add_edge(src, dest)
    print src, dest

for i in range(2, 41):
    if nx.bidirectional_dijkstra(G, 1, i): print "path exists from 1 to ", i

我手动添加边的方式是：

G.add_edge(1, 2)

这样做虽然有效，但太繁琐了，不适合像我这样的较大输入文件。当我手动添加边时，if循环的条件可以正常工作，但对于上面的代码却出现了以下错误：

in neighbors_iter
raise NetworkXError("The node %s is not in the graph."%(n,))
networkx.exception.NetworkXError: The node 2 is not in the graph.

任何帮助都将非常感谢！

Answer 1

来自 Networkx 的 文档：

for row in file('out40.txt'):
    row = row.split()
    src = row[0]
    dest = row[1]
    G.add_nodes_from([src, dest])
    #print src
    G.add_edge(src, dest)
    print src, dest

错误信息说明图 G 中没有你想要连接的节点。

Answer 2

不确定这对你来说是否可行，但你知道 networkx内置支持多种图形文本格式 吗？

边列表格式 看起来非常适合你的情况。具体来说，下面这个方法可以直接读取你的输入文件，不需要你写额外的代码：

G = nx.read_weighted_edgelist(filename)

如果你想去掉权重（因为你不需要它们），你可以接着这样做：

for e in G.edges_iter(data=True):
    e[2].clear()                   #[2] is the 3rd element of the tuple, which 
                                   #contains the dictionary with edge attributes

Answer 3

在你的代码中，你添加了节点 "1" 和 "2" 等等（因为从文件读取的数据会是字符串，除非你特别把它们转换成其他类型）。

但是，你接下来却试图引用节点 1 和 2。我猜 networkx 可能认为 2 == "2" 这两个是不相等的。

试着把这个...

G.add_edge(src, dest)

改成这个：

G.add_edge(int(src), int(dest))