我需要帮助调整输出文件格式

Question

我有一个文件，里面有两个表格。我想从第二个表格中提取第一个表格的值，然后把这些值写到另一个文件里。

这个文件有四列，第一列是符号，第二、第三和第四列是我想要相互减去的值。我希望这些值能够一个接一个地列出来。

这是我的Python 3脚本。

def read_xyz_file(file_path, start_line=2, end_line=None):
    """Reads an XYZ file amd returns a list of atomic coordinates"""
    atomic_coordinates=[]
    with open(file_path, 'r') as file:
        lines=file.readlines()[start_line-1:end_line]
        num_atoms=int(lines[0])
        for line in lines[1:]:
            line=line.split()
            x=float(line[1])
            y=float(line[2])
            z=float(line[3])
            atomic_coordinates.append([x,y,z])
        return atomic_coordinates

def subtract_coordinates(file1_path, file2_path, output_path):
    """Subtract coordinates from file2 from coordinates in file1 and writes the results to file3"""
    file1_coordinates=read_xyz_file(file1_path, start_line=3101, end_line=3124)
    file2_coordinates=read_xyz_file(file2_path, start_line=3125, end_line=3148)

    if len(file1_coordinates) !=len(file2_coordinates):
        print("Error: Number oof atoms in file1 is not the same.")
        return

    num_atoms=23

    with open(output_path, 'w') as file3:
        file3.write(str(num_atoms)+"\n")
        file3.write("Coordinates subtracted from file2-file1\n")
        for i in range(num_atoms):
            x_diff=file2_coordinates[i][0]-file1_coordinates[i][0]
            y_diff=file2_coordinates[i][1]-file1_coordinates[i][1]
            z_diff=file2_coordinates[i][2]-file1_coordinates[i][2]
            file3.write("""{:.6f}\n""".format(x_diff)
                        """{:.6f}\n""".format(y_diff)
                        """{:.6f}\n""".format(z_diff))

file1_path="TS6-int-IRC-1.xyz"
file2_path="TS6-int-IRC-1.xyz"
output_path="file3.xyz"
subtract_coordinates(file1_path, file2_path, output_path)

当我运行这段代码时，得到了一个列表。但是在这个列表中，第一行的值是先列出来的，然后是第二行，依此类推。不过，我希望第二列的值先列出来，然后是第三列的值，依此类推。

输入示例：

文件1：

A	x	y	z
C	25	11	6
C	12	10	5
C	5	2	1

文件2：

A	x	y	z
C	32	10	6
C	14	6	1
C	2	8	7

我想要的输出（以列的形式，而不是行）：

7.
2.
-3.
-1.
-4.
6.
0.
-1.
6.

我得到的输出（以列的形式，而不是行）：

7.
-1.
0.
2.
-4.
1.
-3.
6.
6.

Answer 1

你需要改变一下生成输出的循环方式。现在你用的是一个循环，它对每个原子进行遍历，并为每个原子生成一组三个输出。其实，你应该先选择一列，然后再对原子进行遍历，获取该列的输出。

所以，你的处理循环应该像这样：

with open(output_path, 'w') as file3:
    file3.write(str(num_atoms)+"\n")
    file3.write("Coordinates subtracted from file2-file1\n")
    for column in range(3): # iterate through a column at a time
        for i in range(num_atoms):
            diff=file2_coordinates[i][column]-file1_coordinates[i][column]
            file3.write("""{:.6f}\n""".format(diff))