commands模块问题

Question

你好，我正在尝试通过导入命令模块在Python中执行bash命令。我想我之前在这里问过同样的问题。不过这次不管用。

脚本如下：

#!/usr/bin/python

import os,sys
import commands
import glob

path= '/home/xxx/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:
    fullpath = os.path.join(path,bamfile)
    txtfile = commands.getoutput('/share/bin/samtools/samtools ' + 'view '+ fullpath)
    line=txtfile.readlines()
    print line

这个samtools view命令会生成一个（我认为是）.txt文件

我遇到了以下错误：

Traceback (most recent call last):
  File "./try.py", line 12, in ?
    txtfile = commands.getoutput('/share/bin/samtools/samtools ' + 'view '+ fullpath)
  File "/usr/lib64/python2.4/commands.py", line 44, in getoutput
    return getstatusoutput(cmd)[1]
  File "/usr/lib64/python2.4/commands.py", line 54, in getstatusoutput
    text = pipe.read()
SystemError: Objects/stringobject.c:3518: bad argument to internal function

看起来是commands.getoutput这个部分出了问题

谢谢

Answer 1

我建议你使用 subprocess 这个模块。

根据命令文档的说明：

自2.6版本起，这个命令模块就不再推荐使用了：在Python 3.0中已经被移除了。建议使用subprocess模块。

更新：我刚意识到你在用Python 2.4。一个简单的执行命令的方法是 os.system()。

Answer 2

快速在谷歌上搜索“SystemError: Objects/stringobject.c:3518: bad argument to internal function”会发现几个错误报告。例如，https://www.mercurial-scm.org/bts/issue1225 和 http://www.modpython.org/pipermail/mod_python/2007-June/023852.html。看起来这个问题是Fedora系统和Python 2.4一起使用时出现的，但我不太确定。建议你听从Michael的建议，使用os.system或os.popen来完成这个任务。要做到这一点，你需要在代码中做以下更改：

import os,sys
import glob

path= '/home/xxx/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:
    fullpath = os.path.join(path,bamfile)
    txtfile = os.popen('/share/bin/samtools/samtools ' + 'view '+ fullpath)
    line=txtfile.readlines()
    print line