如何用Python调用/运行软件？

Question

我正在尝试写一个简单的脚本，让它一个接一个地执行不同的任务，但我不知道怎么用Python脚本来运行这个程序！我知道这应该很简单！但是我到处找都没找到。我的例子是这样的：

samtools merge filename.bam file1.sorted.bam file2.sorted.bam file3.sorted.bam file4.sorted.bam

samtools index filename.bam 
samtools idxstats filename.bam > filename.txt 
samtools pileup -vcf path/filename.fa filename_sorted.bam

我希望Python先运行第一个命令，等它完成后再执行下一个！重要的是，它必须等到前一个任务完成后再开始下一个！

Answer 1

使用 subprocess模块。页面底部有很多示例可以参考。

Answer 2

在编程中，有时候我们需要让程序在特定的条件下执行某些操作。这就像给程序设定了一些规则，只有当这些规则被满足时，程序才会按照我们的要求去做事情。

比如说，你可能想要在用户输入一个数字时，程序才进行计算。如果用户输入的不是数字，程序就应该告诉他“请重新输入一个数字”。这就是条件判断的作用。

条件判断通常用“如果...那么...”的结构来表示。比如：如果用户输入的是数字，那么就进行计算；否则，就提示用户输入错误。

通过这种方式，我们可以让程序更加智能，能够根据不同的情况做出不同的反应。

from subprocess import call # call runs an external program and waits for it to quit

for command in ("samtools merge filename.bam file1.sorted.bam file2.sorted.bam file3.sorted.bam file4.sorted.bam", 
                "samtools index filename.bam", 
                "samtools idxstats filename.bam > filename.txt", 
                "samtools pileup -vcf path/filename.fa filename_sorted.bam"):
    # shell=True is so you can handle redirects like in the 3rd command
    call(command, shell=True)