paramiko exec_command 基础帮助

Question

我刚开始使用paramiko，遇到了一些问题，想在远程服务器上运行命令。我想设置一个路径，并在后台运行一个叫做tophat的程序。我可以顺利登录，使用paramiko.sshclient()也没问题，但我用来执行命令的exec_command却没有任何结果。

stdin, stdout, sterr = ssh.exec_command('export PATH=$PATH:/proj/genome/programs
/tophat-1.3.0/bin:/proj/genome/programs/cufflinks-1.0.3/bin:/proj/genome/programs/
bowtie-0.12.7:/proj/genome/programs/samtools-0.1.16')

stdin, stdout, sterr = ssh.exec_command('nohup tophat -o /output/path/directory -I 
10000 -p 8 --microexon-search -r 50 /proj/genome/programs/bowtie-0.12.7/indexes
/ce9 /input/path/1 /input/path/2 &')

没有生成nohup.out文件，Python直接跳到下一行，也没有任何错误信息。我试过不使用nohup，结果也是一样。我是按照这个paramiko教程来做的。

我是不是用错了exec_command？

Answer 1

在你运行命令之前，最好先加载一下bash_profile。否则，你可能会遇到“找不到命令”的错误。

比如，我写了一个命令 command = 'mysqldump -uu -pp -h1.1.1.1 -P999 table > table.sql'，目的是为了导出一个Mysql表。

然后在执行这个导出命令之前，我得手动加载一下bash_profile，方法是输入 . ~/.profile; .~/.bash_profile;。

示例

my_command  = 'mysqldump -uu -pp -h1.1.1.1 -P999 table > table.sql;'

pre_command = """
. ~/.profile;
. ~/.bash_profile;
"""

command = pre_command + my_command

stdin, stdout, stderr = ssh.exec_command(command)

Answer 2

exec_command() 是非阻塞的，它只是把命令发送到服务器，然后 Python 会继续执行后面的代码。

我觉得你应该等命令执行完再做其他事情。

可以用 "time.sleep(10)" 来帮忙，这需要先 "import time"。一些例子显示你可以从 ChannelFile 对象中读取输出，或者简单地使用 stdout.readlines()，这似乎可以读取服务器的所有响应，猜测这可能会有帮助。

你的代码中，上面那两行 exec_command 实际上是在不同的执行会话中运行。我不确定这在你的情况下是否会有影响。

我建议你看看 演示文件夹中的示例，它们使用了 Channel 类，这个类有更好的接口来处理阻塞和非阻塞的命令发送，适用于 shell 和 exec。

Answer 3

我也遇到了同样的问题，经过查看这篇文章和这个回答，我发现解决办法是调用Channel的recv_exit_status()方法。以下是我的代码：

import paramiko
import time

cli = paramiko.client.SSHClient()
cli.set_missing_host_key_policy(paramiko.client.AutoAddPolicy())
cli.connect(hostname="10.66.171.100", username="mapping")
stdin_, stdout_, stderr_ = cli.exec_command("ls -l ~")
# time.sleep(2)    # Previously, I had to sleep for some time.
stdout_.channel.recv_exit_status()
lines = stdout_.readlines()
for line in lines:
    print line

cli.close()

现在我的代码会一直等待，直到远程命令执行完毕。这个方法的详细说明可以在这里找到，请特别注意里面的警告。