rpy2 错误 - 没有（非缺失）观测值

Question

我在Ubuntu 11.04上使用rpy2。现在我在跟着一个关于COX回归的文件，里面的步骤是用R语言写的。我需要用Python和rpy2来做同样的事情。

我没有找到关于rpy2的教程，但我写出了以下代码，

from rpy2.robjects.packages import importr
from rpy2.robjects import IntVector, Formula
import rpy2.robjects as ro
cox = importr("survival")
csv = ro.vectors.DataFrame.from_csvfile('Rossi.txt', header=True, sep=' ')
fmla = Formula('Surv(week, arrest) ~ fin + age + race + wexp + mar + paro + prio')
mod_aalison = cox.coxph (fmla, data=csv)

但是我遇到了以下错误，

>>> mod_aalison = cox.coxph (fmla, data=csv)
Error in function (formula, data, weights, subset, na.action, init, control,  : 
  No (non-missing) observations
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/functions.py", line 83, in __call__
    return super(SignatureTranslatedFunction, self).__call__(*args, **kwargs)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/functions.py", line 35, in __call__
    res = super(Function, self).__call__(*new_args, **new_kwargs)
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in function (formula, data, weights, subset, na.action, init, control,  : 
  No (non-missing) observations

我是不是漏掉了什么？我之前没有使用过R语言。我不确定在coxph函数中，数据是否需要是数据框格式。

这是一个链接，指向Rossi.txt

Answer 1

你用 read.csv 读取数据时，把分隔符设置成了一个空格，但实际上文件里有两个空格。这就导致 R 认为有空的列存在，这样就会搞乱列的名称，最后在 coxph 里出现错误。

你可以试着用 read.table 来读取数据，这样应该就没问题了。