蛋白质结构可视化
我被要求做一个蛋白质结构可视化的项目，类似于RasMol这样的工具，用户可以打开一个pdb文件来查看蛋白质的结构。
我该如何从pdb文件生成蛋白质结构呢？
我想用Python来编程，想要可视化这个结构，我应该使用OpenGL还是VTK？还有没有其他的模块可以帮助我实现这个目标？
3 个回答
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Chimera是另一个可视化工具，大家可以在这个链接找到它：http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/。我觉得它的使用许可比pymol的要灵活一些。
你是在自己编写一个吗？我觉得大多数回答都是在推荐已经实现的可视化工具。祝你好运，不过我想这会需要很多的工作。
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我觉得Pymol现在不再免费了，因为你需要从Schrödinger那里购买。这里有几个免费的程序：
- JMol（不好！！除非你没有其他选择，不要用这个）
- PyMol（如果你是学术人员的话可以用）
- Yasara
- Discovery studio（Accelrys）
- RasMol（不再维护了）
- VMD（这是可视化轨迹的最佳程序）。功能强大，但我从来没有用过。
我不知道这些程序里是否都可以进行脚本编写。
我经常使用PyMol，并且做了一些插件。唯一的限制是你可以把它当作一个查看器来用，但其他功能就不行了。例如，你不能通过点击一个原子来获取信息。
祝你好运！