在Matlab或Python中进行患者fMRI脑图像配准
我在使用SPM这个工具来处理同一个病人的fMRI脑部图像时，效果还不错；但是在处理不同病人之间的图像时，我遇到了麻烦。
简单来说，我想把一个脑图谱（脑部的标准图像）和某个病人的扫描图像对齐，这样我就可以进行一些图像处理，比如拼接图像。也就是说，先对齐，然后把这种变形和转换应用到其他图像上。
但是，SPM在这种对齐上没有成功。它无法把脑图谱变形到和病人的脑部形状一致。
像freesurfer这样的软件适合这个任务吗？或者有没有更好的选择，最好是用python或者matlab的？
谢谢！
tylerthemiler
5 个回答
我觉得 ITK 是为了这个目的而设计的。它有一个Python的封装（Paul Novotny 在他的网站上提供了适用于Ubuntu的二进制文件），但主要是用C++写的。如果你在Linux系统上工作，如果你对cmake有点了解，编译起来会很简单。
因为这个工具包是一个非常底层的框架，我建议你试试 elastix，这是一个命令行工具，可以用来对图片进行配准，使用的是多尺度的Bspline密集配准方法。
还有一个有趣的工具是 MedINIRA，它基于麦克斯韦妖的概念，并且增强了微分同胚的能力。
有很多工具可以用来处理图像配准，比如你可以去http://www.nitrc.org网站，在“空间变换”下找到“配准”这个选项。Nipype是一个很不错的Python模块，它把很多这样的工具（比如FSL、Freesurfer等）整合在一起，这样你就可以在一个相对统一的界面中探索不同的工具。
除了那些大家熟知的工具（比如SPM、FSL、AFNI），你还可以试试一个相对不那么知名但功能强大的CMTK（http://www.nitrc.org/projects/cmtk）。它支持非线性配准、基于人群的模板构建，还有很多其他功能和SRI24图谱。像asegment_sri24这样的脚本可以帮助你快速开始使用SRI24图谱中的标签来进行每个对象的配准和重切片。
如果你想在几分钟内开始使用CMTK（或者其他很多神经影像软件），我建议你去看看http://neuro.debian.net这个平台，它可以让你非常轻松地部署（维护中的）神经科学软件。FSL、AFNI、CMTK、SRI24图谱等都可以根据你的需求在这里找到；）
Freesurfer 是一个软件，它可以在病人的大脑图像上进行分割和标注，结果是根据每个病人的具体情况生成的区域，比如 这样。
我不太明白你说的“修补”是什么意思，或者你想把这种转换应用到哪些其他图像上。不过，这个软件似乎更适合处理单个病人的数据，而不是不同病人之间的标准化数据。