在Python中手动绘制树状图
我实现了一个算法，用来解决图中的聚类问题。我使用了一个叫“python-graph”的库来表示这个图。现在，在我计算的每一步（这个算法是迭代的）我都需要绘制树状图的一部分。实际上，这个算法是分裂型的，意思是它从原始图开始计算出聚类。现在，我不知道该用什么来绘制树状图（有人建议用PIL，但我在找一些简单的东西，而且我也不知道怎么用PIL）……你能给我推荐一些工具，并告诉我怎么用它们来绘图吗？
注意：我看过其他问题，但那些方法似乎都是用来自动计算聚类的……这不是我想要的：我需要手动绘制树状图，或者至少找到一种方法来表示计算出的聚类，以便绘制出来。
谢谢！
4 个回答
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ETE是一个Python工具包，它让你可以很方便地绘制树状图。这个绘图引擎可以让你通过编程来生成树的图像。你可以把树绘制成PNG或SVG格式的图片。树状图可以以矩形或圆形的方式展示。
虽然ETE通常用来处理系统发育树，但它也提供了一个聚类模块，里面有几种特别的可视化模式可以直接使用。
你可以在http://packages.python.org/ete2/tutorial/tutorial_drawing.html查看一些示例。
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也许还有其他的解决办法，比如这个：http://ete.cgenomics.org/。我建议你先看看这个主要的帮助文档，适合入门：http://ete.cgenomics.org/releases/ete2/doc/ete_tutorial.pdf
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要实现 scipy 的树状图 的代码可以在 这里 找到，而这个简单的 实现 会帮助你继续前进。