安装biopython包时遇到问题

Question

我在使用Mac 10.6.7和安装了Xcode 4的gcc 4.2。可是当我用下面的命令安装biopython时：

python setup.py install

它在gcc上报了错误：

10-54-41-155-wireless1x:biopython-1.57 xueran2010$ python setup.py install
running install
running build
running build_py
running build_ext
building 'Bio.cpairwise2' extension
gcc-4.2 -fno-strict-aliasing -fno-common -dynamic -DNDEBUG -g -fwrapv -Os -Wall -Wstrict-prototypes -DENABLE_DTRACE -arch i386 -arch ppc -arch x86_64 -pipe -IBio -I/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/include/python2.6 -c Bio/cpairwise2module.c -o build/temp.macosx-10.6-universal-2.6/Bio/cpairwise2module.o
/usr/libexec/gcc/powerpc-apple-darwin10/4.2.1/as: assembler         (/usr/bin/../libexec/gcc/darwin/ppc/as or /usr/bin/../local/libexec/gcc/darwin/ppc/as) for architecture ppc not installed
Installed assemblers are:
/usr/bin/../libexec/gcc/darwin/x86_64/as for architecture x86_64
/usr/bin/../libexec/gcc/darwin/i386/as for architecture i386
Bio/cpairwise2module.c:639: fatal error: error writing to -: Broken pipe
compilation terminated.
lipo: can't open input file: /var/folders/ir/ir6RCJTKGB4QU5sVdTXwt++++TI/-Tmp-//cccUvTiF.out (No such file or directory)
error: command 'gcc-4.2' failed with exit status 1

Answer 1

看起来是苹果新版本的X Code出了问题，这也影响到了其他一些Python库，比如NumPy。

在这个讨论串里，有人建议一个简单的解决办法，就是先卸载X Code 4，然后安装Xcode 3，最后可以选择再重新安装X Code 4。

http://lists.open-bio.org/pipermail/biopython/2011-June/007320.html

Answer 2

安装biopython最简单的方法是使用Anaconda。你可以从Continuum的网站上下载最新版本（http://continuum.io/downloads），安装好这个软件包后，打开终端，更新一下conda和anaconda（这样可以确保你有最新的软件包）。所以，按照以下步骤操作：

conda update conda
conda update anaconda

接下来，你就可以用以下命令来安装biopython：

conda install biopython

就这样。打开Anaconda，启动一个IPython笔记本。为了检查biopython是否正常工作，可以执行以下操作：

from Bio.Seq import Seq
my_seq = Seq("AGTACACTGGT")
my_seq

如果你能看到返回的序列，那就说明它正常工作。

Answer 3

我觉得你问题的根源在于这一行：

/usr/libexec/gcc/powerpc-apple-darwin10/4.2.1/as: assembler (/usr/bin/../libexec/gcc/darwin/ppc/as or /usr/bin/../local/libexec/gcc/darwin/ppc/as) for architecture ppc not installed

XCode 4 不太喜欢尝试编译使用 PPC 架构的东西，所以你需要让它停止这个尝试：

env ARCHFLAGS="-arch i386 -arch x86_64" python setup.py install

(免责声明：我无法测试这个，因为 BioPython 在我的 10.6.7 机器上运行得很好...)

如果你有关于 BioPython 的其他问题，可以去 http://biostar.stackexchange.com 寻求帮助，可能会更有收获。