模块'对象不可调用 - Bio.IUPAC

Question

当我尝试这样做时，

from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio import Seq
my_prot = Seq("AGTACACTGGT", IUPAC.protein)

为什么会遇到以下错误：

TypeError: 'module' object is not callable

附注：这是来自BioPython食谱的一个例子

Answer 1

Ben 给出了一个很清晰的回答，解释了问题。我想你可能把例子抄错了，

>>> from Bio.Seq import Seq
>>> from Bio.Alphabet import IUPAC
>>> my_prot = Seq("AGTACACTGGT", IUPAC.protein)
>>> my_prot
Seq('AGTACACTGGT', IUPACProtein())
>>> my_prot.alphabet
IUPACProtein()

至少现在的内容是这样说的 http://www.biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html

需要注意的是，如果 Biopython 在模块名上用小写的 seq，而在类名上用首字母大写的 Seq，就不会造成这样的困惑了。这种命名方式现在是 Python 推荐的做法，具体可以参考 http://www.python.org/dev/peps/pep-0008/

Answer 2

在BioPython的源代码中，“Seq”类位于文件“Seq.py”里，路径是“/Seq/Seq.py”。

这意味着……你需要导入Seq（一个文件），这表示它是一个“模块”，然后在这个“模块”中调用类“Seq”。

所以你可以试试这样做：

from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio import Seq
my_prot=Seq.Seq("AGTACACTGGT",IUPAC.protein)

如果你在Python中对自己导入了什么和调用了什么感到困惑，可以这样做：

import Bio.Seq
print type(Bio.Seq)
>>> <type 'module'>
print type(Bio.Seq.Seq)
>>> <type 'classobj'>