为Python创建C++ MPI模块时，导入错误
我有一个Python模块，它是用来封装一个C++库的。这个库使用了MPI，并且是用mpicxx编译的。在某些机器上，一切都运行得很好，但在其他机器上，我遇到了这个问题：
ImportError: ./_pyCombBLAS.so: undefined symbol: _ZN3MPI3Win4FreeEv
所以这里出现了一个来自MPI库的未定义符号。根据我的理解，mpicxx应该把所有东西都链接进来，但它没有。有人知道为什么吗？
3 个回答
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符号 ZN3MPI3Win4FreeEv 是在 libmpi_cxx.so 这个库里定义的，所以你需要用 -lmpi_cxx 来链接，而不是用 -lmpi。
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这是一个共享库的问题。你可以在正常工作的系统和出问题的系统上，分别运行一下 ldd 命令，看看扩展模块。
ldd _extension.so
这个命令会显示你的扩展模块依赖的所有库，这样你就可以确认这些库是否都能找到。
一个简单的解决办法是把这些依赖库静态链接到你的扩展模块里。
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原来问题出在加载了错误的库上。你知道，一个集群里可能会安装好几个版本的MPI，有时候同一个版本还会用不同的编译器编译。这些库的文件名可能都是一样的。在我的情况下，虽然我用的是MPICH GNU编译的，但默认路径却指向了OpenMPI PGI的库。我没有意识到这一点，以为用MPICH GNU编译后，运行时就能找到MPICH GNU的库。
当然，我实际上不能使用PGI编译的OpenMPI，因为Python是用GCC编译的，而PGI编译的文件和GCC不完全兼容。
解决办法就是设置LD_LIBRARY环境变量，让它指向你用来编译代码的MPI版本。