在Windows XP上使用Python 2.6尝试让Rpy2 2.1.9与R 2.12.1兼容时，Rpy找不到R.dll？

Question

我在让Rpy2和我的R安装配合使用时遇到了很大的问题。我最开始尝试安装rpy2的MSI包，但似乎没有成功。当我运行推荐的测试时，它给了我一个错误，提示找不到R.dll，因为新的R安装（2.11版本之后）把DLL文件放在了i386文件夹里，而rpy2在找的时候却在bin文件夹里找，结果找不到。

然后我尝试自己从头开始用命令行工具（distutils）来构建安装。这也没成功，因为setup.py说找不到R_home的位置。不过我发现编辑一个环境变量（PATH）可能会告诉rpy2去哪里找R的安装位置。于是我对环境变量做了一些修改，添加了一个指向bin/i386目录的“R_home”变量，并在PATH变量下添加了一个新的条目，指向同样的地方。

不幸的是，当它找到了R的路径后，我又遇到了这个问题：

running build
running build_py
running build_ext
Traceback (most recent call last):
  File "setup.py", line 372, in <module>
    [os.path.join('doc', 'source', 'rpy2_logo.png')])]
  File "C:\Python26\lib\distutils\core.py", line 152, in setup
    dist.run_commands()
  File "C:\Python26\lib\distutils\dist.py", line 975, in run_commands
    self.run_command(cmd)
  File "C:\Python26\lib\distutils\dist.py", line 995, in run_command
    cmd_obj.run()
  File "C:\Python26\lib\distutils\command\build.py", line 134, in run
    self.run_command(cmd_name)
  File "C:\Python26\lib\distutils\cmd.py", line 333, in run_command
    self.distribution.run_command(command)
  File "C:\Python26\lib\distutils\dist.py", line 994, in run_command
    cmd_obj.ensure_finalized()
  File "C:\Python26\lib\distutils\cmd.py", line 117, in ensure_finalized
    self.finalize_options()
  File "setup.py", line 111, in finalize_options
    config += get_rconfig(r_home, about)
  File "setup.py", line 264, in get_rconfig
    rc = RConfig.from_string(rconfig)
  File "setup.py", line 252, in from_string
    + '\nin string\n' + string)
ValueError: Invalid substring in string

所以我又回去尝试使用预先制作好的安装包，想着也许新的环境设置可以解决问题，但又遇到了这个问题：

 Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 245, in run_nodebug
      File "C:\Documents and Settings\User\Desktop\rpy2-2.1.9\rpy\tests.py", line 3, in <module>
        import rpy2.robjects.tests
      File "C:\Python26\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 12, in <module>
        import rpy2.rinterface as rinterface
      File "C:\Python26\lib\site-packages\rpy2\rinterface\__init__.py", line 56, in <module>
        raise RuntimeError("Unable to locate R.dll within %s" % R_HOME)
    RuntimeError: Unable to locate R.dll within C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin\i386

这真的很奇怪，因为（任何人都可以在自己的安装上检查）R会把R.dll安装到“C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin\i386”这个位置，我确认它确实在那儿，并且我已经在Windows的默认PATH中指向了这个目录！我知道rpy2在找正确的地方，但就是搞不懂为什么它看不到R.dll。

那么，为什么rpy2找不到它呢？有没有人知道怎么让rpy2和R 2.12一起工作？也许我应该尝试更新的rpy2 2.2.0版本？不过它还在开发中，而1.9版本据说可以处理R 2.12，根据这个网站的说法，我不知道该怎么办...

感谢任何能提供帮助的人...

[编辑] 我还尝试了这里的说明，但它们返回的还是同样的“找不到DLL”的错误... 除非你把环境变量“R_home”直接指向c/program files/R/R 2.12目录，而不是指向i386子目录。

如果指向正确的位置，你会得到这些错误。这看起来有点希望... 但情况还是挺糟糕的！

.......................F....................................F.FFF...F....................................................................F..................................
======================================================================
FAIL: testNewWithoutInit (rpy2.rinterface.tests.test_SexpVector.SexpVectorTestCase)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Python26\lib\site-packages\rpy2\rinterface\tests\test_SexpVector.py", line 43, in testNewWithoutInit
    self.assertTrue(False) # worked when tested, but calling endEmbeddedR causes trouble
AssertionError

======================================================================
FAIL: testCallErrorWhenEndedR (rpy2.rinterface.tests.test_EmbeddedR.EmbeddedRTestCase)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Python26\lib\site-packages\rpy2\rinterface\tests\test_EmbeddedR.py", line 122, in testCallErrorWhenEndedR
    self.assertTrue(False) # worked when tested, but calling endEmbeddedR causes trouble
AssertionError

======================================================================
FAIL: testReadConsoleWithError (rpy2.rinterface.tests.test_EmbeddedR.EmbeddedRTestCase)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Python26\lib\site-packages\rpy2\rinterface\tests\test_EmbeddedR.py", line 117, in testReadConsoleWithError
    self.assertTrue(errorstring.startswith('Traceback'))
AssertionError

======================================================================
FAIL: testSetReadConsole (rpy2.rinterface.tests.test_EmbeddedR.EmbeddedRTestCase)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Python26\lib\site-packages\rpy2\rinterface\tests\test_EmbeddedR.py", line 97, in testSetReadConsole
    self.assertEquals(yes.strip(), res[0])
AssertionError: 'yes' != ''

======================================================================
FAIL: testSetWriteConsole (rpy2.rinterface.tests.test_EmbeddedR.EmbeddedRTestCase)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Python26\lib\site-packages\rpy2\rinterface\tests\test_EmbeddedR.py", line 36, in testSetWriteConsole
    self.assertEquals('[1] "3"\n', str.join('', buf))
AssertionError: '[1] "3"\n' != ''

======================================================================
FAIL: testWriteConsoleWithError (rpy2.rinterface.tests.test_EmbeddedR.EmbeddedRTestCase)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Python26\lib\site-packages\rpy2\rinterface\tests\test_EmbeddedR.py", line 55, in testWriteConsoleWithError
    self.assertTrue(errorstring.startswith('Traceback'))
AssertionError

======================================================================
FAIL: testVectorUnicodeCharacter (rpy2.robjects.tests.testNumpyConversions.NumpyConversionsTestCase)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Python26\lib\site-packages\rpy2\robjects\tests\testNumpyConversions.py", line 54, in testVectorUnicodeCharacter
    self.assertTrue(False) # arrays of unicode characters causing segfault
AssertionError

----------------------------------------------------------------------
Ran 172 tests in 0.407s

FAILED (failures=7)
Exit code:  True

Answer 1

我不太确定该把这个写在哪里，因为我不能评论（没有声望点数），但我觉得这些信息对解决这个问题很有帮助。造成让人烦恼的“无法找到 R.dll 在...”这个错误信息的原因，即使你知道 R.dll 确实在它说的那个地方，是因为程序实际上并没有在那个目录里查找。我认为相关的操作发生在 rpy2 的 "init.py" 模块中的这些代码行：

import win32api
os.environ['PATH'] += ';' + os.path.join(R_HOME, 'bin', _win_bindir)
os.environ['PATH'] += ';' + os.path.join(R_HOME, 'modules', _win_bindir)
os.environ['PATH'] += ';' + os.path.join(R_HOME, 'lib')

# Load the R dll using the explicit path
R_DLL_DIRS = ('bin', 'lib')
# Try dirs from R_DLL_DIRS
for r_dir in R_DLL_DIRS:
    Rlib = os.path.join(R_HOME, r_dir, _win_bindir, 'R.dll')
    if not os.path.exists(Rlib):
        continue
    win32api.LoadLibrary( Rlib )
    _win_ok = True
    break
# Otherwise fail out!
if not _win_ok:
    raise RuntimeError("Unable to locate R.dll within %s" % R_HOME)

如你所见，错误信息总是会说它在你设置的 R_HOME 目录中查找，但实际上它是在 "R_HOME\ r_dir\win_bindir" 这个目录里查找。所以当你看到像“无法在 C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin\i386 找到 R.dll”这样的信息时，其实是因为它在寻找一个名为 C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin\i386\R-2.12.1\bin\i386\ 的目录，或者类似的东西。

Kadee 的回答中的第 3 点通过只将路径指定到 \bin 级别的上面来解决了这个问题。

Answer 2

RPy2这个软件在Windows系统上没有经过测试。你可以尝试使用一个旧版本（2.0.8），这个版本有Windows安装程序，但可能会和更新的R版本出现问题。

这个软件的作者不使用Windows。如果你有能力让更新的版本在Windows上运行，我相信他会很欢迎你的贡献。

Answer 3

经过在网上搜索了很多小时，尝试了各种方法，遇到了和上面一样的问题，我终于在我的Windows 7电脑上成功安装了Rpy2！

其实，最关键的帮助来自于这个讨论串：http://www.mail-archive.com/rpy-list@lists.sourceforge.net/msg03348.html。

简单来说，以下是我在Windows 7上安装rpy2的步骤：

1. 从这个链接安装rpy2：https://bitbucket.org/breisfeld/rpy2_w32_fix/issue/1/binary-installer-for-win32
2. 把R.dll的路径添加到环境变量PATH中（在我的情况下是C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin\i386）
3. 添加一个环境变量R_HOME（在我的情况下是C:\Program Files\R\R-2.12.1）
4. 添加一个环境变量R_USER（就是我在Windows上的用户名）
5. 重启你的Python开发环境（否则环境变量不会重新加载！）