用于图像分析的兴趣区域绘图工具（Python）

Question

为了摆脱IDL和Matlab，我正在研究在python/scipy等工具中需要哪些功能。其中一个常见的需求是显示医学图像并标出感兴趣的区域（比如在IDL中叫defroi，或者它的图形用户界面版本xroi）。在chaco和matplotlib中，有一些LassoSelection工具的例子，虽然它们有点接近，但还是不完全符合我的需求（我希望能通过点击来画出一个多边形，而不是拖动光标）。

有没有现成的工具可以做到这一点，还是说我需要扩展和定制现有的类？无论哪种情况，能给我一些指引会很有帮助。

Answer 1

现在，matplotlib有一个很不错的小工具，叫做“LassoSelector”，它让自由绘制多边形变得非常简单。

这里有个示例代码： http://matplotlib.org/examples/widgets/lasso_selector_demo.html

这是我简化版的代码：

from pylab import *
from matplotlib.widgets import LassoSelector

fig, ax = plt.subplots()
ax.imshow(np.random.randint(0,255,(255,255)), cmap='gray')

def onselect(verts):
    print verts

lasso = LassoSelector(ax, onselect)

subplots_adjust(left=0.1, bottom=0.1) 

Answer 2

看起来，matplotlib在做互动数据可视化方面不是特别合适，尤其是像区域绘制这样的功能。虽然它确实可以处理事件响应等。

到目前为止，我找到的最好的选择是一个叫做 guiqwt 的工具。它是基于 PyQwt 开发的，并且有一长串（相对容易满足的）依赖项。快速浏览他们的 图像可视化示例，可以看到这是一个很方便的工具集，可以用来构建自己的项目。安装和运行这些示例都很简单。至于它能多容易地融入我的工作中，时间会告诉我们。

Answer 3

我觉得你可以试试用PyQTGraph来实现这个功能，https://launchpad.net/pyqtgraph。我自己用得不多，因为它的选项比matplotlib少一些，但速度挺快的，而且里面有一些现成的工具，可以帮助你选择感兴趣的区域。你可能会发现自己需要把matplotlib和PyQTGraph结合起来写一些自定义的绘图程序，不过这可能会让你头疼，因为它们的数据格式可能不一样等等。这会增加一些管理上的麻烦，但可能会解决你的问题。