Python + GNU Plot：处理缺失值

Question

为了让问题更清楚，我把它单独拿出来，并用一个小的完整代码片段来描述。

我有一堆数据，但有很多地方缺失。我想忽略这些缺失的数据（如果是折线图的话，就像图表中出现了断点）。我把“？”设置为缺失数据的符号。这里是我的代码片段：

import math
import Gnuplot

gp = Gnuplot.Gnuplot(persist=1)
gp("set datafile missing '?'")

x = range(1000)

y = [math.sin(a) + math.cos(a) + math.tan(a) for a in x]

# Force a piece of missing data
y[4] = '?'

data = Gnuplot.Data(x, y, title='Plotting from Python')
gp.plot(data);

gp.hardcopy(filename="pyplot.png",terminal="png")

但是它没有按我想的那样工作：

> python missing_test.py
Traceback (most recent call last):
  File "missing_test.py", line 8, in <module>
    data = Gnuplot.Data(x, y, title='Plotting from Python')
  File "/usr/lib/python2.6/dist-packages/Gnuplot/PlotItems.py", line 560, in Data
    data = utils.float_array(data)
  File "/usr/lib/python2.6/dist-packages/Gnuplot/utils.py", line 33, in float_array
    return numpy.asarray(m, numpy.float32)
  File "/usr/lib/python2.6/dist-packages/numpy/core/numeric.py", line 230, in asarray
    return array(a, dtype, copy=False, order=order)
ValueError: setting an array element with a sequence.

到底出了什么问题呢？

Answer 1

Gnuplot正在调用numpy.asarray这个命令，把你的Python列表转换成一个numpy数组。可惜的是，这个命令（加上dtype=numpy.float32）不适合包含字符串的Python列表。

你可以这样复现这个错误：

In [36]: np.asarray(['?',1.0,2.0],np.float32)
---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)

/usr/lib/python2.6/dist-packages/numpy/core/numeric.pyc in asarray(a, dtype, order)
    228 
    229     """
--> 230     return array(a, dtype, copy=False, order=order)
    231 
    232 def asanyarray(a, dtype=None, order=None):

ValueError: setting an array element with a sequence.

此外，Gnuplot的Python模块（版本1.7）的文档提到：

• 数组数据中没有缺失数据点的处理（而gnuplot可以通过'设置缺失'命令来处理）。

我不确定在1.8版本中这个问题是否已经修复。

你对gnuplot有多依赖呢？你试过matplotlib吗？