Conda环境中Python虚拟环境的行为：Python解释器选择

Question

我正在使用Conda环境来运行一个程序，以确保所有的包都配置正确。但是，我在运行这个程序时遇到了麻烦，因为似乎环境没有选择正确的解释器。

我的conda yaml文件如下：

name: nmrfilter
channels:
  - rdkit
  - pytorch
dependencies:
  - python=3.7
  - anaconda
  - rdkit
  - pytorch=1.4
  - torchvision
  - pandas
  - numpy
  - seaborn
  - scikit-learn
  - pyarrow
  - numba
  - click
  - pip
  - ipywidgets
  - pip:
    - python-igraph
    - louvain
    - ruffus
    - tqdm
    - networkx
    - tensorflow-cpu
    - tensorboardX
    - cirpy    
    - pubchempy

这个文件应该配置所有的Python命令，让它们使用Conda安装的Python3.7。然而，当我在Conda环境中使用Python虚拟环境时，出现了一些无法解释的情况。我的requirements.txt文件，用来创建Python虚拟环境，内容如下：

numpy==1.24
scipy
pandas
rdkit
click
cirpy
scikit-learn
matplotlib
python-igraph
pubchempy
numba
torch
tqdm
igraph
louvain

#!/bin/bash

# Get the directory path where the shell script is located
script_dir="$( cd "$( dirname "${BASH_SOURCE[0]}" )" && pwd )"

# Check if the virtual environment already exists in the script's directory
if [ -f "$script_dir/nmrfilter_env/bin/activate" ]; then
    echo "NMRfilter_env already exists. Activating..."
    source "$script_dir/nmrfilter_env/bin/activate"
else
    echo "Creating virtual environment in $script_dir/nmrfilter_env..."
    python3 -m venv "$script_dir/nmrfilter_env"
    source "$script_dir/nmrfilter_env/bin/activate"

    echo "Installing the requirements..."
    python -m pip install -r requirements.txt

    echo "Installing Jupyter Notebook..."
    python -m pip install jupyter
fi

echo "Virtual environment activated."
echo "PYTHONPATH: $PYTHONPATH"
echo "Python executable: $(which python)"
echo "Python3 executable: $(which python3)"
echo "PIP executable: $(which pip)"
echo "Python version: $(python --version)"
echo "PIP version: $(pip --version)"
echo "Pip packages in virtual environment:"
pip list | grep numpy



#start the processing
python3 nmrfilter.py $1

...
...

python3 nmrfilter2.py $1

当我第一次运行这个脚本（也就是创建Python虚拟环境）时，产生了以下输出：


Virtual environment activated.
PYTHONPATH: 
Python executable: /home/karl/nmrfilterv15/nmrfilter_env/bin/python
Python3 executable: /home/karl/nmrfilterv15/nmrfilter_env/bin/python3
PIP executable: /home/karl/nmrfilterv15/nmrfilter_env/bin/pip
Python version: Python 3.7.16
PIP version: pip 22.0.4 from /home/karl/nmrfilterv15/nmrfilter_env/lib/python3.7/site-packages/pip (python 3.7)
Pip packages in virtual environment:


Simulating spectra for your compounds...
Traceback (most recent call last):
  File "nmrfilter2.py", line 5, in <module>
    from clustering import *
  File "/home/karl/nmrfilter/clustering.py", line 2, in <module>
    from numpy import *
ModuleNotFoundError: No module named 'numpy'

我很困惑，为什么它会选择一个没有安装numpy的解释器，尽管我的Python虚拟环境和Conda的“nmrfilter”环境中都有安装numpy。更让我困惑的是，脚本似乎选择了Python虚拟环境的解释器，但出于某种原因，它的pip列表中却没有包含numpy？

总的来说，当我运行时，requirements.txt中的包没有出现在pip列表中，我尝试过用python3 -m pip list和python -m pip list。

然而，当我完全不使用Conda时，一切都能正确安装和使用。

顺便说一下，我知道如何解决这个问题（完全去掉Python虚拟环境，因为它是多余的），但是我想了解一下它的行为。

numpy 包管理解释器环境配置虚拟环境 pip conda requirements.txt

Conda环境中Python虚拟环境的行为：Python解释器选择

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