使用GTEX门户API提取GTEX数据

Question

我正在尝试通过GtexPortal的API提取gtex eqtl数据：https://gtexportal.org/home/apiPage

我想提取特定SNP ID和组织位置的数据。

我对编程和Python还很陌生，所以不太确定我做的是否正确。我尝试过的一个代码示例是，我给定了一个特定的基因、组织和变异ID，想从gtexportal的indepndentEqtl数据中提取这些参数的数据：

gencode = "ENSG00000122971"
gene_name = "ALMS1"
tissue = "Heart_Left_Ventricle"

gene_eqtls = requests.get('https://gtexportal.org/api/v2/association/independentEqtl', params = {"gencodeId" : gencode,"tissueSiteDetailId" : tissue, "datasetId" : "gtex_v8", "variantId" : 'rs58235352'})

data = json.loads(gene_eqtls.text)
data

{'data': [],
 'paging_info': {'numberOfPages': 0,
  'page': 0,
  'maxItem
sPerPage': 250,
  'totalNumberOfItems': 0}}

我尝试的所有方法都返回了空的数据集，如果能帮我提取数据，我将非常感激。

Answer 1

根据GTEx API文档，gencodeId需要有版本号，比如说ENSG00000122971.9。你可以在ensembl网站上查看相关信息。

不过，我觉得在你给的这个基因例子中，实际上是没有输出结果的。可以对比一下下面这个例子，它能给我返回一些结果：

import requests
import json

json.loads(requests.get('https://gtexportal.org/api/v2/association/independentEqtl', params = {"gencodeId" : "ENSG00000122971.9", "datasetId" : "gtex_v8"}).text)