Python实现BLAST比对算法？

Question

有没有人知道有没有纯Python写的BLAST比对的实现？我正在研究这个算法……

Answer 1

可以看看BioPython这个库：

http://biopython.org/

http://github.com/JoaoRodrigues/biopython/tree/GSOC2010

Answer 2

实际上，完整实现BLAST算法是相当困难的。它有很多步骤和优化。你可以做的是：看看O'Reilly出版的《BLAST书》，里面有很好的解释；再看看NCBI的BLAST代码库，虽然它很大，初看起来也比较难懂；或者，我建议你看看其他的BLAST实现，或者其他算法，比如BLAT和Genoogle（http://genoogle.pih.bio.br/）。