在Matlab中使用pyrunfile导入Python模块吗？

Question

我有一个Python脚本，它需要一些外部包，代码如下：

#script stored as get_command_Voltage.py

import pyabf
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import pandas as pd

#load data
def get_command_V(filepath):
    abfdata = pyabf.ABF(filepath)
    return abfdata


commandv = get_command_V(filepath1)

我想把Python的输出结果，也就是commandv，存到Matlab里的变量commandV中。

我在Matlab里写了以下代码：

pyabf = py.importlib.import_module('pyabf');

filepath_this = "..." %full file path

commandV = pyrunfile("get_command_Voltage.py","commandv",filepath1 = filepath_this)

但是它给我返回了这个错误：

ModuleNotFoundError: 没有名为'pyabf'的模块

Warning: Unable to load Python object. Saving (serializing) Python objects into a MAT-file is not supported. 
> In vclampanal (line 25) 
Error using <frozen importlib>_find_and_load_unlocked (line 1140)
Python Error: ModuleNotFoundError: No module named 'pyabf'

Error in <frozen importlib>_find_and_load (line 1176)

Error in <frozen importlib>_gcd_import (line 1204)

Error in __init__>import_module (line 126)
 

我只是想知道怎么解决这个问题，运行那些依赖于外部包的Python脚本。

任何建议都非常感谢！

谢谢

Answer 1

MATLAB只能访问在pyenv指定的Python环境中安装的Python包。如果MATLAB指向的是其他的Python安装，它就无法加载或识别在其他环境中（比如你的Anaconda环境）安装的包。

第一步：打开一个终端或Anaconda提示符。

第二步：激活安装了pyabf的Anaconda环境（如果你使用的是特定环境，没用的话可以跳过这一步）。

第三步：在macOS或Linux上运行

which python

或者在Windows上运行

where python

来找到当前环境中Python可执行文件的路径。

第四步：复制Python可执行文件的路径。它应该类似于

/Users/sayakaminegishi/opt/anaconda3/bin/python

（对于macOS/Linux）或者在Windows上类似的路径。

第五步：打开MATLAB，使用pyenv命令将Python可执行文件的路径设置为你在上一步找到的路径。

pyenv('Version', '/Users/sayakaminegishi/opt/anaconda3/bin/python');

第六步：在MATLAB中再次运行pyenv，确认它现在使用的是正确的Python版本和路径。