scipy-cluster生成的树状图不显示

Question

我正在使用 scipy-cluster 来对一些数据进行层次聚类。在应用的最后一步，我调用了 dendrogram 函数来绘制聚类图。我是在 Mac OS X Snow Leopard 上运行，使用的是内置的 Python 2.6.1 和 这个 matplotlib 包。程序运行得很好，但最后出现了火箭图标（我理解这是 Python 中图形界面应用的启动器），然后立刻消失了，什么也没做。什么都没有显示出来。如果我在调用后加一个 'raw_input'，它就会在 dock 中一直弹来弹去。如果我从终端运行一个简单的 matplotlib 示例程序，它就能正常运行。有没有人遇到过类似的情况？

Answer 1

我也遇到过同样的问题。你可以试试下面的方法：

1. 使用 plt.show() ：在画完图后用 plt.show()，这样就能显示出图像来。使用 plt.show

2. 在 Jupyter Notebook 中最开始使用 %matplotlib inline。这会在执行后显示出图像。使用 matplotlib inline

Answer 2

用“-pylab”这个选项启动ipython对我来说没什么用。（系统：Fedora 13）

虽然这不是最好的办法，但我选择的解决方案是把生成的图像直接保存为文件。比如：

...
dendrogram(Z)
pylab.savefig( "temp.png" )

希望这能帮助到遇到同样问题的人。

补充说明：使用hcluster包的简短教程时，要小心简单地复制粘贴，特别是如果你在教程中展示的几种树状图绘制之后调用pylab.savefig()，也就是说：

distMat = # whatever distance matrix you have
dendrogram( linkage( distMat ) )
pylab.savefig( "exampleDendrogram.png" )
dendrogram( linkage( distMat, method="complete" ) ) #instead of default "single"
pylab.savefig( "exampleDendrogram.png" )

那么生成的exampleDendrogram.png文件会同时包含单链接树状图和完全链接树状图，这样它们可能会交叉在一起，看起来就会很乱。

如果你像我一样傻，可能会花30到180分钟搞不清楚怎么正确使用hcluster，其实只需要在绘制树状图之间重置matplotlib就可以了：

distMat = # whatever distance matrix you have
dendrogram( linkage( distMat ) )
pylab.savefig( "exampleDendrogram1.png" )
pylab.cla()
dendrogram( linkage( distMat, method="complete" ) ) #instead of default "single"
pylab.savefig( "exampleDendrogram2.png" )

这样，生成的树状图图像文件就会像你预期的那样显示了。

Answer 3

我在Ubuntu 10.04上也遇到了同样的问题。为了让ipython交互式控制台显示图形，启动时加上“-pylab”这个选项，这样就可以互动使用matplotlib了：

ipython -pylab

如果你想在运行独立脚本时显示图形，可以使用matplotlib.pyplot.show这个调用。下面是hcluster主页上的一个例子，第一行和最后一行是关键部分：

from matplotlib.pyplot import show

from hcluster import pdist, linkage, dendrogram
import numpy
from numpy.random import rand

X = rand(10,100)
X[0:5,:] *= 2
Y = pdist(X)
Z = linkage(Y)
dendrogram(Z)

show()