Python中计算重叠的内置函数

Question

有没有什么内置的函数可以计算两个离散区间之间的重叠，比如说计算[10, 15]和[20, 38]之间的重叠部分？在这种情况下，重叠部分是0。如果是[10, 20]和[15, 20]，那么重叠部分就是5。

Answer 1

这里有一个很不错的函数，来自于Aaron Quinlan的chrom_sweep，我对它进行了修改，以适应你的区间表示。这个函数会返回两个区间重叠的碱基对（bp）数量，如果没有重叠的话，它会返回一个负数，表示它们之间的距离。

def overlaps(a, b):
    """
    Return the amount of overlap, in bp
    between a and b.
    If >0, the number of bp of overlap
    If 0,  they are book-ended.
    If <0, the distance in bp between them
    """

    return min(a[1], b[1]) - max(a[0], b[0])

Answer 2

可以看看 pyinterval 这个库，链接在这里：http://code.google.com/p/pyinterval/

import interval
x=interval.interval[10, 15]
y=interval.interval[20, 38]
z=interval.interval[12,18]

print(x & y)
# interval()
print(x & z)
# interval([12.0, 15.0])

Answer 3

你可以使用最大值和最小值的功能：

>>> def getOverlap(a, b):
...     return max(0, min(a[1], b[1]) - max(a[0], b[0]))

>>> getOverlap([10, 25], [20, 38])
5
>>> getOverlap([10, 15], [20, 38])
0