子进程未能捕获标准输出

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提问于 2025-04-15 22:50

我正在尝试用fasta文件作为输入来生成树形结构，并使用MuscleCommandline进行对齐。

import sys,os, subprocess
from Bio import AlignIO
from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
cline = MuscleCommandline(input="c:\Python26\opuntia.fasta")
child= subprocess.Popen(str(cline),
                         stdout = subprocess.PIPE,
                         stderr=subprocess.PIPE,
                        shell=(sys.platform!="win32"))
align=AlignIO.read(child.stdout,"fasta")
outfile=open('c:\Python26\opuntia.phy','w')
AlignIO.write([align],outfile,'phylip')
outfile.close()

我总是遇到这些问题。

Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 244, in run_nodebug
  File "C:\Python26\muscleIO.py", line 11, in <module>
    align=AlignIO.read(child.stdout,"fasta")
  File "C:\Python26\Lib\site-packages\Bio\AlignIO\__init__.py", line 423, in read
    raise ValueError("No records found in handle")
ValueError: No records found in handle

树形结构标准输出子进程

4 个回答

来自于 subprocess库的文档：

警告

使用 communicate() 方法，而不是 .stdin.write、.stdout.read 或 .stderr.read，这样可以避免因为其他操作系统的管道缓冲区被填满而导致的死锁问题，进而阻塞子进程。

所以你可以试试这样的做法：

mydata = child.communicate()[0]

回答于 2025-04-15 由 Python大师

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这里有几个问题需要注意：

在调用外部程序后，你需要加上 child.wait()，这样你的代码才能等到外部程序运行完毕再继续。
虽然帮助文档上说 Muscle 会写入 stdout，但实际上它并没有这样做，至少在我这里的 v3.6 版本是这样的。我相信最新的版本是 v3.8，所以这个问题可能已经修复了。

Biopython 提示你传给它的 stdout 是空的，这就是你看到的错误。你可以直接在命令行运行这个：

muscle -in opuntia.fasta

看看是否能看到 FASTA 的输出。这里有一个修复了等待问题并使用中间输出文件的版本：


import sys,os, subprocess
from Bio import AlignIO
from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
out_file = "opuntia.aln"
cline = MuscleCommandline(input="opuntia.fasta", out=out_file)
child= subprocess.Popen(str(cline),
                         stdout = subprocess.PIPE,
                         stderr=subprocess.PIPE,
                        shell=(sys.platform!="win32"))
child.wait()
with open(out_file) as align_handle:
    align=AlignIO.read(align_handle,"fasta")
outfile=open('opuntia.phy','w')
AlignIO.write([align],outfile,'phylip')
outfile.close()
os.remove(out_file)

回答于 2025-04-15 由 Python大师

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今天发布了Biopython 1.54版本，其中包含了Bio.Phylo模块的稳定版本。我已经更新了文档，里面有一个生成树的示例流程。为了简单起见，这个示例使用ClustalW来对序列进行比对并生成树，而不是使用Muscle和Phylip，但大部分代码还是差不多的。

http://biopython.org/wiki/Phylo#Example_pipeline

如果你已经用Phylip生成过树（使用.phy格式的比对作为输入），你仍然可以大致跟着Phylo的示例来操作。Phylip会生成一个Newick格式的文件，文件名可能是“outttree”或者“foo.tree”。

（欢迎把这个和Brad的回答合并；我现在还不能在那个讨论里评论。）

回答于 2025-04-15 由 Python大师

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子进程未能捕获标准输出

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