运行BLAST（bl2seq）无需创建序列文件

Question

我有一个脚本，用来执行BLAST查询（bl2seq）。

这个脚本的工作流程是这样的：

1. 获取序列a和序列b
2. 把序列a写入文件filea
3. 把序列b写入文件fileb
4. 运行命令 'bl2seq -i filea -j fileb -n blastn'
5. 从标准输出中获取结果，并进行解析
6. 重复这个过程2000万次

程序bl2seq不支持管道操作。有没有办法做到这一点，而不需要写入或读取硬盘？

顺便说一下，我使用的是Python。

Answer 1

这个bl2seq程序是来自BioPerl的吗？如果是的话，看起来你不能直接把数据通过管道传给它。不过，你可以用Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::Pise自己写个小程序，这样做是比较推荐的。不过，你得用Perl语言来写。

如果这个bl2seq是别的东西，那就忽略这条信息吧。不管怎样，你可能需要提供更多的细节。

Answer 2

根据你使用的操作系统，你可能可以用类似于bash的进程替代的东西。我不太确定在Python中怎么设置这个，但基本上你是在使用一个命名管道（或者叫命名文件描述符）。如果bl2seq尝试在文件中随机访问，那就不行，但如果它只是顺序读取文件，那应该是可以的。

Answer 3

你怎么知道 bl2seq 不支持管道？顺便说一下，管道是操作系统的一个功能，而不是程序本身。如果你的 bl2seq 程序有输出，不管是输出到屏幕上还是文件里，你都应该能处理这些输出。可以查看 bl2seq 的帮助文件，里面会有选项说明，比如 -o 选项，用来输出到文件。这样你就可以处理这个文件了。

另外，既然你在用 Python，你还可以考虑使用 BioPython 模块作为替代方案。