Mac 10.6 通用二进制 scipy: 找不到 cephes/specfun "_aswfa_" 符号
我在我的64位MacPro1,1上,编译成i386/x86_64通用二进制文件后,无法让scipy在32位模式下运行。
我的Python环境
在这个回答的帮助下,我构建了一个32/64位的intel通用二进制Python 2.6.4,打算用arch
命令在不同架构之间切换。(我用lipo成功制作了一些我想要的库的通用二进制文件。)这一切都正常。我然后按照hyperjeff的文章中的说明安装了scipy,只是使用了更新版的numpy(1.4.0),并跳过了在安装scipy时暂时移动numpy的那部分。
现在,除了scipy之外,其他一切似乎都能正常工作,我确实可以使用arch -i386 python
和arch -x86_64 python
在32位和64位模式之间切换。
错误信息
在32位模式下,scipy报错:
$ arch -x86_64 python -c "import scipy.interpolate; print 'success'"
success
$ arch -i386 python -c "import scipy.interpolate; print 'success'"
Traceback (most recent call last):
File "<string>", line 1, in <module>
File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/lib/python2.6/site-packages/scipy/interpolate/__init__.py", line 7, in <module>
from interpolate import *
File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/lib/python2.6/site-packages/scipy/interpolate/interpolate.py", line 13, in <module>
import scipy.special as spec
File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/lib/python2.6/site-packages/scipy/special/__init__.py", line 8, in <module>
from basic import *
File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/lib/python2.6/site-packages/scipy/special/basic.py", line 8, in <module>
from _cephes import *
ImportError: dlopen(/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/lib/python2.6/site-packages/scipy/special/_cephes.so, 2): Symbol not found: _aswfa_
Referenced from: /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/lib/python2.6/site-packages/scipy/special/_cephes.so
Expected in: flat namespace
in /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/lib/python2.6/site-packages/scipy/special/_cephes.so
尝试找出问题
看起来scipy.interpolate导入了一个叫_cephes
的东西,它在寻找一个叫_aswfa_
的符号,但在32位模式下找不到。浏览scipy的源代码,我在specfun.f中找到了一个ASWFA
子程序。唯一一个名字相似的scipy产品文件是specfun.so,但这两个文件(specfun.so和_cephes.so)似乎都是通用二进制文件:
$ cd /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/lib/python2.6/site-packages/scipy/special/
$ file _cephes.so specfun.so
_cephes.so: Mach-O universal binary with 2 architectures
_cephes.so (for architecture i386): Mach-O bundle i386
_cephes.so (for architecture x86_64): Mach-O 64-bit bundle x86_64
specfun.so: Mach-O universal binary with 2 architectures
specfun.so (for architecture i386): Mach-O bundle i386
specfun.so (for architecture x86_64): Mach-O 64-bit bundle x86_64
唉,我卡住了。我可能会尝试但还没想出办法的事情包括手动编译specfun.so。
我想scipy并不是在所有32位机器上都坏掉了,所以我猜是我安装的方式出了问题,但我搞不清楚是什么问题。
考虑到我的环境比较特殊,我并不指望能得到完整的答案,但如果有人能给我一些线索,让我朝正确的方向走,那将非常感谢。
(编辑) 更多细节以回答问题:
我使用的是gfortran(来自GCC 4.2.1的GNU Fortran,Apple Inc.构建5646)。
Python 2.6.4的安装大致是这样的:
cd /tmp
curl -O http://www.python.org/ftp/python/2.6.4/Python-2.6.4.tar.bz2
tar xf Python-2.6.4.tar.bz2
cd Python-2.6.4
# Now replace buggy pythonw.c file with one that supports the "arch" command:
curl http://bugs.python.org/file14949/pythonw.c | sed s/2.7/2.6/ > Mac/Tools/pythonw.c
./configure --enable-framework=/Library/Frameworks --enable-universalsdk=/ --with-universal-archs=intel
make -j4
sudo make frameworkinstall
Scipy 0.7.1的安装过程基本上如这里所述,但简单来说就是运行sudo python setup.py install
。
如果你用nm
查看_cephes库,确实可以看到在i386架构下这个符号是未定义的,正如David Cournapeau所建议的那样:
$ nm -arch x86_64 /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/lib/python2.6/site-packages/scipy/special/_cephes.so | grep _aswfa_
00000000000d4950 T _aswfa_
000000000011e4b0 d _oblate_aswfa_data
000000000011e510 d _oblate_aswfa_nocv_data
(snip)
$ nm -arch i386 /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/lib/python2.6/site-packages/scipy/special/_cephes.so | grep _aswfa_
U _aswfa_
0002e96c d _oblate_aswfa_data
0002e99c d _oblate_aswfa_nocv_data
(snip)
不过,我还无法解释它的缺失。
2 个回答
你是怎么安装scipy的?用的是哪个版本的python,还有哪个fortran编译器?
你可能还想确认一下缺失的符号确实在这两个架构中都有(我不太记得那个函数具体在哪里,但你可以通过结合使用nm和otool这两个工具自己很容易找到)。
你有没有试过用macports编译的scipy?
sudo port install scipy +universal
(当然,你还得确保其他相关的东西,比如python
和py26-numpy
也是用相同的选项编译的)
我得到的是:
$ arch -x86_64 /opt/local/bin/python -c "import scipy.interpolate; print 'success'"
success
$ arch -i386 /opt/local/bin/python -c "import scipy.interpolate; print 'success'"
success
你可以利用macports维护者用来编译的设置和知识,来进行你自己的编译。