在pymol中从笛卡尔坐标绘制彩色球体

Question

我在查找如何将以下关于珠子的信息转换成图形，这些信息包括笛卡尔坐标和能量：

23.4 54.6 12.3 -123.5 54.5 23.1 9.45 -56.7 .......

我想在pymol中绘制一个图形，里面每个原子都有一个半径为R的球体，球体的中心在它的坐标上，并且颜色是彩虹渐变的。

谢谢！

Answer 1

我对彩虹渐变的部分不是很明白，不过关于上面/下面的代码，我需要把它改成这样：

import pymol

from pymol.cgo import *

from pymol import (
                    
                    cmd ,
                    )


print('########## PYMOL VERSION ##########################################')
print('         ',  cmd.get_version() )
print('###################################################################')


pymol.finish_launching()

spherelist = [
   [COLOR,    0.100,    1.000,    0.000,
   SPHERE,   30.304,   30.407,   30.531,0.30],
   [COLOR,    1.000,    0.000,    0.000,
   SPHERE,   30.250,   30.250,   30.250,0.20],
    ]

for i in spherelist:
    
    a = str(spherelist.index(i))

    cmd.load_cgo(i, 'sphere_'+a )

在Pymol版本中，根据输出结果：

########## PYMOL VERSION ##########################################
          ('2.3.0',

要让单独的对象像 spheres_0 和 spheres_1 看起来像这样：

。

我得查看代码，才弄明白在 load_cgo 中缺少的第三个参数，这在维基上没有提到： Load CGO PyMOLWiki，不过我猜 zoom 这个参数可能在很多命令中都可以用：

cmd.load_cgo(obj , cgo_name , zoom=0)

Answer 2

你在渲染的内容和分子结构真的有关系吗？也就是说，使用PyMol的目的是什么呢？

如果你是在绘制某个分子结构，我建议你直接输出一个自定义的PDB文件，里面包含球体的坐标（你可以利用每个ATOM行的B因子字段来控制每个原子的颜色，在PyMol中显示出来）。

如果你不是在绘制分子结构，使用PyMol的CGO接口会更合适。

根据PyMol的文档：

CGO球体是通过 SPHERE命令生成的。

SPHERE, x,y,z,d

其中x,y,z是球体中心的坐标，d是球体的直径。注意，COLOR命令用于设置球体的颜色。和LINES命令一样，只有在下一个要绘制的球体颜色变化时，才需要使用COLOR命令。

一个简单的例子：

from pymol.cgo import *
from pymol import cmd

spherelist = [
   COLOR,    0.100,    1.000,    0.000,
   SPHERE,   30.304,   30.407,   30.531,0.30,
   COLOR,    1.000,    0.000,    0.000,
   SPHERE,   30.250,   30.250,   30.250,0.20,
    ]

cmd.load_cgo(spherelist, 'segment',   1)