在Python中将多列输出为两行

Question

我正在处理一个输出列表，里面包含以下信息：

[start position, stop position, chromosome, 
    [('sample name', 'sample value'), 
     ('sample name','sample value')...]]

[[59000, 59500, chr1, 
    [('cn_04', '1.362352462'), ('cn_01', '1.802001235')]], 
    [100000, 110000, chr1, 
        [('cn_03', '1.887268908'), ('cn_02', '1.990457407'), ('cn_01', '4.302275763')]],
    [63500, 64000, chr1, 
        [('cn_03', '1.887268908'), ('cn_02', '1.990457407'), ('cn_01', '4.302275763')]]
    ...]

我想把这些信息写入一个Excel文件，格式是用样本名称作为列标题，然后在列中填入样本的值。有些样本没有值，所以这些地方会留空或者标记为没有数据。最终的样子大概是这样的（抱歉我用>>来表示列的分隔）：

cn_01     cn_02     cn_03     cn_04     cn_05     cn_06    start    stop    chromosome  

1.802     ""        ""        1.362     ""        ""       59000    59500   chr1  
4.302     1.990     1.887     ""        ""        ""       100000   110000  chr1  

任何帮助都会很棒。

Answer 1

你可以创建一个简单的文本文件，文件名后缀用“*.csv”。在这个文件里，每一列的数据用逗号隔开。如果某些字段是文本，特别是当字段里面可能有逗号的时候，可以选择用引号把这些文本包起来。你甚至可以在里面写Excel公式（前面加个'='），Excel会正确识别这些公式。

双击任何一个csv文件，它会在Excel中打开（除非你电脑的设置不一样）。

你还可以使用csv模块来处理这些文件。

《学习Python》这本书里有一些更复杂的例子，比如格式化和电子表格，使用的是Windows的COM组件。

编辑：我刚看到这个网站。那里的PDF教程似乎非常详细。我自己还没用过这个。

Answer 2

你也可以使用 xlwt 这个工具，直接写 .xls 文件，而不需要打开 Excel。想了解更多信息，可以查看 这里。

下面是一些示例代码，帮助你入门（虽然还不够完美）：

import xlwt as xl
def list2xls(data, fn=None, col_names=None, row_names=None):
        wb = xl.Workbook()
        ws = wb.add_sheet('output')
        if col_names:
            _write_1d_list_horz(ws, 0, 1, col_names)
        if row_names:
            _write_1d_list_vert(ws, 1, 0, row_names)
        _write_matrix(ws, 1, 1, data)
        if not fn:
            fn = 'test.xls'
        wb.save(fn)
    def _write_matrix(ws, row_start, col_start, mat):
        for irow, row in enumerate(mat):
            _write_1d_list_horz(ws, irow + row_start, col_start, row)
    def _write_1d_list_horz(ws, row, col, list):
        for i, val in enumerate(list):
            ws.write(row, i + col, val)
    def _write_1d_list_vert(ws, row, col, list):
        for i, val in enumerate(list):
            ws.write(row + i, col, val)

调用 list2xls 函数，传入数据作为一个二维列表，还可以选择性地传入列名和行名，作为列表形式。

Answer 3

如果要把数据发送到Excel，我会选择使用CSV格式，而不是固定长度的文本格式。这样的话，如果你需要在浮点数值中显示更多的有效数字，输出的格式就不会改变。而且，CSV文件可以直接在Excel中打开，不需要导入。而且，csv.writer会帮你处理所有的数据类型转换问题。

我还会利用一个明显的事实，就是每个观察中的第四项看起来是一组键值对，dict函数可以把它们转换成字典。假设你知道所有的键是什么，你可以通过把它们放在一个列表中（在下面的代码中叫做keys）来指定它们在输出中出现的顺序。然后，使用列表推导式很简单就能创建一个有序的值列表。这样：

>>> import sys
>>> import csv
>>> keys = ['cn_01', 'cn_02', 'cn_03', 'cn_04', 'cn_05', 'cn_06']
>>> data = [[59000, 59500, 'chr1', [('cn_04', '1.362352462'), ('cn_01', '1.802001235')]], [100000,   110000, 'chr1', [('cn_03', '1.887268908'), ('cn_02', '1.990457407'), ('cn_01', '4.302275763')]], [63500, 64000, 'chr1', [('cn_03', '1.887268908'), ('cn_02', '1.990457407'), ('cn_01', '4.302275763')]]]
>>> writer = csv.writer(sys.stdout)
>>> writer.writerow(keys + ['start', 'stop', 'chromosome'])
cn_01,cn_02,cn_03,cn_04,cn_05,cn_06,start,stop,chromosome
>>>>for obs in data:
        d = dict(obs[3])
        row = [d.get(k, None) for k in keys] + obs[0:3]
        writer.writerow(row)

1.802001235,,,1.362352462,,,59000,59500,chr1
4.302275763,1.990457407,1.887268908,,,,100000,110000,chr1
4.302275763,1.990457407,1.887268908,,,,63500,64000,chr1

上面的代码是把数据写入sys.stdout；如果要创建一个真正的CSV文件，你可以这样做：

with open('file.csv', 'w') as f:
    writer = csv.writer(f)
    # now use the writer to write out the data