Scipy错误：numpy.dtype大小更改，可能表示二进制不兼容（及相关异常行为）

Question

我在OS X 10.9.4上安装numpy、scipy和scikit-learn时，遇到了一个错误，提示“numpy.dtype大小发生变化，可能表示二进制不兼容”。

这是我构建这个项目时做的步骤：

mkvirtualenv thm
workon thm
pip install numpy scipy pandas ipython # and some other stuff
cd /path/to/our/repo
# run tests

下面是一个相关警告的追踪摘录（因为我们在测试开始时使用了warnings.simplefilter('error')，所以这个警告变成了错误）：

======================================================================
ERROR: Failure: RuntimeWarning (numpy.dtype size changed, may indicate binary in
compatibility)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/loader.py",
 line 414, in loadTestsFromName
    addr.filename, addr.module)
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/importer.py
", line 47, in importFromPath
    return self.importFromDir(dir_path, fqname)
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/importer.py
", line 94, in importFromDir
    mod = load_module(part_fqname, fh, filename, desc)
  File "/Users/ben/code/thm/alpha/prosper/base/stats/test_auc.py", line 3, in <m
odule>
    import sklearn.metrics
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/sklearn/metrics/
__init__.py", line 6, in <module>
    from .metrics import (accuracy_score,
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/sklearn/metrics/metrics.py", line 27, in <module>
    from scipy.spatial.distance import hamming as sp_hamming
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/scipy/spatial/__init__.py", line 90, in <module>
    from .ckdtree import *
  File "__init__.pxd", line 155, in init scipy.spatial.ckdtree (scipy/spatial/ckdtree.c:20570)
RuntimeWarning: numpy.dtype size changed, may indicate binary incompatibility

有人告诉我，这个警告是因为scipy是用一个和我安装的numpy版本不同的版本编译的。不过，我是通过pip安装它们的，按照我认为的标准方式来做的，所以我觉得这不应该是个问题。

奇怪的是，虽然运行我们整个测试套件（通过python -m unittest discover）会出现这些错误，但单独运行每个测试（通过python -m unittest <module>）却没问题。

根据测试，这里有一些相关的版本信息：

numpy version 1.9.0 (rev 07601a64cdfeb1c0247bde1294ad6380413cab66)
scipy version 0.14.0 (built against numpy 1.9.0)
sklearn version 0.15.2
pandas version 0.14.1

如果需要更多信息，我很乐意提供！

Answer 1

你是怎么构建sklearn 0.14.1的？你是用和scipy一样的numpy版本来构建的吗？

最近版本的scikit-learn、scipy和numpy都有现成的安装包。特别是scikit-learn 0.15.2应该可以和numpy 1.7及以上版本兼容。我觉得scipy 0.14.0也是这样，但你说你是从源代码自己构建的，这不是pip默认的做法（pip应该直接安装现成的whl包）。

编辑：你有没有试过这样做：

pip install -U scipy scikit-learn pandas

来确保你使用的是这些包的最新稳定版本的whl文件？

编辑：下面的评论里有实际有效的答案，这也是为什么这个答案被接受的原因。也就是说：

pip uninstall -y scipy scikit-learn
pip install --no-binary scipy scikit-learn