使用Biopython在NCBI中运行BLAT搜索

Question

我想用不同的序列运行几个BLAT查询，然后对结果进行多序列比对。

我该如何用Python来运行这些BLAT查询呢？

我知道有一种方法可以使用BLAST，但我对BLAT不太确定。

Answer 1

• 如果你想在线使用BLAT，没办法找到像Bio.Blast.NCBIWWW这样的工具。
• 如果你想在本地使用BLAT，也没有像Bio.Blast.NCBIStandalone这样的工具。

好消息是，你可以在本地安装BLAT，然后使用subprocess库来调用BLAT，Biopython还提供了Bio.SearchIO.BlatIO来解析输出结果。或者你也可以尝试把你的查询提交到BLAT的网站，然后把结果下载到本地进行解析。

不过如果你刚接触python，我觉得第一种方法会更简单。